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メトセック ランキングとまとめ
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メトセック 説明
MetaseQは、Chip-Seq、RNA-Seq、またはONYNES-SEQの組み合わせで簡単に動作するPythonフレームワークです。 - マトリックスプロット：MXNマトリックスを生成します（例：M =遺伝子とn = RNA-SEQ実験からのアップレギュレート遺伝子のチップシーシグナルを示すBINS、TSS +/- 1KB）並列処理のための下方制御のサポートのサポート、実際の数はあなたのハードドライブ速度と数のバランスです。コア。信号はIPと入力BAMファイルから直接計算され、ライブラリサイズへのスケーリングは、結果がNumpyの配列であるため、それが遺伝子発現の些細なこと、またはカラム平均を取るためのものであるため、データを正規化します。チップ配列の空間分布はそれらのTSSの周りにピークに達する。代わりにベッドまたはBIGBEDファイルを使用して、BAMファイルと同じインターフェイスを使用して行列を生成できます。 MatplotLibのコールバック関数を使用した遺伝子内のチップピークの分布は、遺伝子情報を印刷することも、ピークが注釈付き遺伝子内に入った場所のその遺伝子パイチャートのミニゲノムブラウザビューを示すウィンドウを開くこともできます - TSS 、可能な場所では、入力は標準形式です。 BIGWIGまたはBIGBEDに変換する時間がかかる場合、パフォーマンスは既存のPythonパッケージの大手ボディの肩の上にあり、柔軟で直感的で強力なフレームワークを提供します。これらのパッケージは次のとおりです。実装を意味する - PybedTools、Bedtools Suiteへのインタフェース、柔軟で強力な「ゲノム代数」および機能レベルの操作 - GFFUTILS、遺伝子注釈の階層をナビゲートするための軽量データベースフレームワーク（エクソン - >トランスクリプト - >遺伝子）これらのさまざまなパッケージの間に「接着剤」を提供するためのCIN加算で計算的に集中的なコードを実装するための携帯フォーマット - Cython MetaseQは、Cythonで書かれたビニングコードと並列化するためのヘルパーに書かれたビニングコードを供給します。製品Acroductのホームページ
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