ゲノミクス さまざまなDNA配列分析ツールのPerl拡張
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さまざまなDNA配列分析ツールのためのPerl拡張 GenoMicsはさまざまなDNA配列分析ツール用のPerlモジュールです。これはハッシュ{キー}ルックアップによって循環的に行われます。ユニークなキーが各シーケンスからサンプリングされ、％ハッシュにリストされているため、すべてのSequucnesが識別キーで同等です。シーケンスはスキャンされます - 他のキーのスキャンウィンドウ。複製は、キー・プロセル・または5 '→3'方向性に基づいて急落しています。 = HEAD2エクスポート使用：サブルーチンを順番に送信します。 3. $ FILTER_LENGTH - キーの長さ（より短いキーはより多くの鍵を生成します）4。$ filter_window - winder + - keys 5. $ filter_type - "m" =曖昧なシーケンスを残します。ほとんどの3 'ポジション、 "f" =大部分の5'ポジショニング（$ REFKEYHASH_R、$ REFKEYHASHSEQ_R、$ exper_site_r、$ stats_r）= Genomics :: Filterseq（$ filter_start、$ filter_length、$ filter_length、$ filter_length、$ filter_length、$ filter_length、 $ filter_window、$ filter_type）;サブルーチンは次のことを再子切りします.1。Qキーによる配列名を持つ配列への参照を含むハッシュへのhash_reference。 2. $ REFKEYHASHSEQ_R、キー3. $ est_per_site_r、キーカウント値（表現されたキーの数）4. $ EST_PER_SITE_Rのみを返します。 、キーカウント値（表現されたサイトの数）を含むハッシュへの参照。$ stats_rさまざまなカウントのハッシュへの参照。my $ seq_count = $$ stats_r {"seq_count"}; My $ REFSEQ_ID_COUNT = $$ stats_r {"refseq_id_count"}; My $ POSIST_SQUASHED_COUNT = $$ stats_r {"POSIST_SQUASHED_COUNT"}; My $ key_count = $$ stats_r {"key_count"}; My $ MY_LENGTH_AVE = $$ stats_r {"Length_ave"};印刷 "$ seq_countシーケンス（$ my_length_ave）、$ refseq_id_count IDが$ POSIST_SQUASHED_COUNTサイト（正確なキー）に配置され、位置反復によって$ key_countサイトにさらに減少しました。 「; foreach（鍵（％$ RefKeyhash_r））{印刷 "$ _"; My $ My_Name_arr = $$ refkeyhash_r {$ _};印刷@ $ my_name_arr;印刷 " ";印刷$ {$$ RefKeyhashseq_r {$ _}};印刷する" "; } 要件： ・Perl

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