バイオ::グラフィックス Bio :: SEQオブジェクトのGDイメージを生成
今すぐダウンロード

バイオ::グラフィックス ランキングとまとめ

バイオ::グラフィックス タグ

Perlモジュール パール images g GD画像

バイオ::グラフィックス 説明

Bio :: SEQオブジェクトのGD画像を生成します Bio :: Graphicsは、Bio :: Seq ObjectsのGDイメージを生成するためのPerlモジュールです.synopsis＃このスクリプトは、赤い機能のセットと青い機能のセットを含む10kの領域のPNGピクチャを生成します。このようにそれを呼び出します。このようにそれを呼び出します：＃render.pl my_file.embl | ..表示 - 厳密なものを使う。 Bio :: Graphicsを使用してください。 Bio :: Seqioを使用してください。 My $ FILE = SHIFTまたはDIE "引数としてシーケンスファイルを入力します"。 My $ IO = BIO :: Seqio-> New（-file => $ file）またはDie "Bio :: Seqioを作成できませんでした。 My $ SEQ = $ IO-> NEXT_SEQまたはDIE "ファイル内のシーケンスが見つかりませんでした";私の@Features = $ seq-> all_seqfeatures; ＃プライマリタグで機能を並べ替えます。 $ f（@Features）{my $ tag = $ f-> primary_tag; @ {$ SORTED_FEATURES {$ TAG}}、$ f; My $ wholeseq = bio :: seqfeature :: generic-> new（-start => 1、-end => $ seq->長さ）; My $ Panel = Bio :: Graphics :: Panel-> New（-length => $ seq-> length、-key_style => 'の間、-Width => 800、-Pad_left => 10、-Pad_Right => 10 ）; $ panel-> add_track（$ wholeseq、-glyph => 'arrow'、-bump => 0、-double => 1、-tick => 2）; $ PANDER - > ADD_TRACK（$ wholeseq、-glyph => 'generic'、-bgcolor => 'blue'、-label => 1、）。 ＃一般的なケース私の@COLORS = QW（シアンオレンジブルーパープルグリーンシャルレューズマゼンタイエローアクア）。私の$ idx = 0; My $ TAGの場合（Sort Keys％Sorted_Features）{My $ Features = $ SORTED_FEATURES {$ TAG}; $ panel-> add_track（$機能、-glyph => 'generic'、-bgcolor => $ COLORS 、-fgColor => 'black'、-font2color => 'red'、-key = > "$ {タグ} s"、-bump => + 1、-height => 8、-label => 1、-description => 1、）。 $ PANDER-> PNGを印刷します。 0を終了します。要件： ・Perl

バイオ::グラフィックス 関連ソフトウェア