バイオ:: Bio :: SEQは、機能を備えたシーケンスオブジェクトです。
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バイオ:: 説明

Bio :: SEQは、機能を備えたシーケンスオブジェクトです。 Bio :: SEQはSequenceオブジェクトです.synopsis＃これはBIOPERL＃のメインシーケンスオブジェクトです。$ seqio = bio :: seqio-> new（ '-format' => 'embl'） -file => 'myfile.dat'）; $ seqobj = $ seqio-> next_seq（）; ＃SEQIOは両方とも読み書きを行うことができます。詳細情報と例についてはBio :: Seqio＃を参照してください。データベース$ db = bio :: db :: genbank-> new（）; $ seqobj = $ db-> get_seq_by_acc（ 'x78121'）; ＃スクリプトの文字列から$ seqobj = bio :: seq-> new（-display_id => 'my_id'、-seq => $ sequence_as_ring）; #sequence object $ seqstr = $ seqobj-> seq（）からの文字列としてシーケンスを取得します。 ＃実際のシーケンス$ seqstr = $ seqobj-> subseq（10,50）; ＃生物学的座標のスライス＃シーケンス＃機能から情報を取得するには、Bio :: SeqFeaturei Interface @Features = $ seqobj-> get_seqfeatures（）を実装する必要があります。 ＃ちょうど最上レベルのための私の$ feat（@取り扱い）{印刷 "Feature"、$ feat-> primary_tag、 "start"、$ feat-> start、 "Edit"、$ feat-> $ feat、$ feat - >ストランド、 "n"; ＃特徴基礎となるシーケンスオブジェクト印刷へのリンクを保持する「機能シーケンスは」、$ feat-> seq-> seq（）、 "n"}＃シーケンスが（定義$ seq-> speies）{print "シーケンスがある場合は種を持っているかもしれません。 「、$ speies-> binomial_name」から、 n"。注釈オブジェクトはBio :: AnnotationCollectioniの$ ANN = $ seqobj-> annotation（）です。 ＃注釈オブジェクト＃参照は、取得する注釈の1種類です。 ＃コメントとdblinkも取得します。 ＃より詳細な情報については、Bio :: AnnotationCollectionを見てください。あなたは切り捨て、翻訳、逆補完を受け取ることができます。 My $ REV = $ seqobj-> revcom（）; ＃翻訳するためのオプションはたくさんあります - Docs My $ Trans = $ seqobj-> translate（）; ＃これらの関数は私の$ trans_trunc_rev = $ seqobj-> trunc（100,200） - > revcom-> translate（）; seqオブジェクトはそれに配置されたシーケンス機能を持つシーケンスです。 SEQオブジェクトには、実際のシーケンス用のPrimarySeqオブジェクトが含まれており、そのinterface.in bioperlにも実装されています。 Bio :: SeqFeAturei - 順番に配列と注釈を伴う配列上の位置。 Bio :: SEQ - それ自身の注釈を備えたシーケンスとシーケンス機能のコレクション（集約）のコレクション。Although BioPerlはファイル形式に大きく縛られていません。 - Sequence Bio :: SeqFeatureiのFASTAファイル - EMBL / Genbank / DDBJの単一エントリのエントリBio :: SEQ - Sepl :: Seq - この分割を持つ単一のEMBL / GenBank / DDBJのエントリーは、多くの厄介な循環参照を避けます（シーケンス機能シーケンス機能への参照を保持するシーケンスを持たないシーケンスへの参照を保持することができます）。詳細については、Bio :: PrimarySeq、Bio :: SeqFeatureiを参照してください。要件： ・Perl

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