バイオ:: Nexus :: Treesblock Bio :: Nexus :: TreesBlockは、Nexusファイルのツリーブロックを表すPerlモジュールです。
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バイオ:: Nexus :: Treesblock 説明

Bio :: Nexus :: TreesBlockは、Nexusファイルのツリーブロックを表すPerlモジュールです。 Bio :: Nexus :: Treesblockは、Nexusファイルのツリーブロックを表すPerlモジュールです。 $冗長）; Nexusブロックがツリーブロックの場合、このモジュールはブロックを解析し、ツリーData.methodsnewのタイトルを格納します.nexusage：block_object = new bio :: nexus :: treesblock（$ block_type、$ verbose）;機能：新しいBio :: Nexus :: TreesBlockオブジェクトを作成し、ファイルの返品を自動的に読み取ります.Bio :: Nexus :: TreesBlockオブジェクトargs：type（string）、parse / comments（配列参照）、そして冗長フラグ（0または1;オプション）クローンタイトル：クローン使用法：My $ NEWBLOCK = $ BLOCK-> clone（）;関数：ブロックオブジェクト（浅い）が戻ります。ブロックオブジェクトargs：noneset_treesタイトル：set_trees使用法：$ BLOCK-> set_trees（$ツリー）;関数：ツリーのリストを設定します（Bio :: Nexus :: Treeオブジェクト）戻り値：なしargs：Ref Bio :: Nexus :: Tree ObjectsAd_Treeタイトル：add_treeの使用法：$ block-> add_tree（$ tree）;機能：ツリーを追加する（Bio :: Nexus :: Tree Object）戻り値：なしARGS :: BIO :: Nexus :: Tree Object：add_tree_from_newickの使用状況：$ BLOOCK-> add_tree_from_newick（$ newick_name）;機能：ツリーを追加する（Bio :: Nexus :: Tree Object）戻り値：なしargs：Newick形式のツリー文字列とツリーの名前（スカラー）GET_TREESタイトル：get_trees使用法：$ BLOCK-> get_trees（）;機能：ツリーのリスト（Bio :: Nexus :: Treeオブジェクト）を取得し、戻り値：ref :: Nexus :: Tree Objects args：noneget_treeタイトル：Get_Tree Usage：$ block-> get_tree（$ TreeName） ）;関数：指定された名前または$ treenameが指定されていない場合は、指定された名前または最初のツリーに一致する最初のツリー（Bio :: Nexus :: Treesオブジェクト）を取得します。ツリーが一致しない場合は、UNDEFを返します。戻り値：Bio :: Nexus :: Treeオブジェクトargs：ツリー名またはnoneset_translateのタイトル：set_translateの使用法：$ block-> set_translate（$ translate）;関数：翻訳のハッシュのノード名を設定します.NONES名が返されます。関数：それに関連する名前で数値を変換します。戻り値：整数または文字列args：integerメソッド：その番号の翻訳名に関連付けられている名前を返します。関連が見つからない場合は、number.reroot_treeのタイトル：reroot_treeの使用法：$ block-> reroot_tree（$ outgroup、$ root_position、$ treeName）;機能：OTUを新しいアウトグループとして使用してツリーを再起動します。戻り値：なしARGS：OUTGROUP名、ルート位置とツリーの前の距離NamerRoot_all_treesの距離：reroot_all_trees使用法：$ block-> reroot_all_trees（$ OUTGROUP、$ root_position）;機能：Treesblockツリーのすべてのツリーをすべて再起動します。 NEW OUTGROUPが戻り値：なしARGS：OUTGROUP名とルート位置RENAME_OTUSタイトル：rename_otusの使用法：$ BLOCK-> rename_otus（％翻訳）;機能：翻訳ハッシュに基づいてノードの名前を変更します。なしargs：none args：hash（{old_name => new_name}）コメント：翻訳ハッシュに含まれていないノードは、select_otusの使用法：$ NEXUS-> select_otus（@Otunames ）;関数：OTUSのサブセットを選択します.nexusオブジェクトargs：OTU namesselect_treeの配列のREF：select_tree使用法：$ NEXUS-> select_tree（$ treename）;機能：ツリーを選択します。関数：サブツリーを選択します.Reture：新しいNexusオブジェクトargs：subtreeの内部ノード名：selectedExclude_subtreeの内部ノード名：exclude_subtree使用法：$ nexus-> exclude_subtree（$ inodename）;機能：サブツリーを削除する：新しいNexusオブジェクトargs：Subtreeの内部ノードがSubtreeになるためのExplementEqualsの内部ノード名：$ NEXUS-> equals（$ another）。機能：2つのNexusオブジェクトが等しい場合：Boolean ARGS：Nexusオブジェクト要件： ・Perl

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