バイオインフォマティクスベンチマークシステム BioInformatics Benchmark Systemは、プラットフォーム性能測定のためのバイオインフォマティクスベンチマークシステムです。
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バイオインフォマティクスベンチマークシステム 説明

バイオインフォマティクスのベンチマークシステムは、プラットフォームの性能測定のためのバイオインフォマティクスのベンチマークシステムです。 バイオインフォマティクスベンチマークシステムは、私たちがやろうとしている彼らのsystems.Whatのパフォーマンスを調べるために、エンドユーザーとベンダーを有効にするために、合理的なテストフレームワーク、テスト、およびデータを構築しようとする試みは、テストのためのフレームワークを作成することであり、コアすべてのアイデアは、エンドユーザーを有効にすることですBioinformatics.orgでスケーラブルな情報LLCにダウンロードして使用システムperformance.Moreoverの特定の要素を調べるために、これらのテストのソースはGPLの下で利用可能であり、ホストされていることが一連のテスト、消費者は、システム開発者、および簡単にスケーラブルな情報LLCからの測定およびチューニングreasons.Joe Landmanのための有意義なテストを構築し、使用する他の人のアイデアを考案し、元のコードを書きました。私たちは、追加のベンチマークコードの提案、テスト、データ・セットを探している、etc.Currentベースラインテストでは、いくつかのNCBI BLASTを実行すると、いくつかのHMMERが実行され、その他の様々なです。私たちは、ClustalWの、X！タンデム、様々な化学、力学、および関連テスト、ならびにLINPACKまたは単に高性能インフォマティクスのために意味のあるパフォーマンス指標や予測モデルを提供していないHPLなど、いくつかのothers.Testsを含める予定。残念ながら、また、より最近の数を行うと、tests.ThisはLINPACKとHPLは、特にあなたが効果的に通常のメモリアクセスパターンを持っている様々な行列演算、上のパフォーマンスをテストし、特定の数学的operations.Theseコードがために最も有用である問題である焦点を当てました重い浮動小数点演算とのコードと比較し、インターリーブメモリトラフィック。これらのコードは、ディスクI / O、メモリレイテンシ、およびその他の要因はすべてissues.The最高のテストは、あなたがマシン上で実行されますコードに最も類似しているものであり、パフォーマンスに貢献し、ベンチマーク包括的なシステム用に設計されていませんでした。テスト自体は、実際のデータを使用して、あなたのコードの実際の実行に合理的な近似値でなければなりません。あなたは、データサイズの合理的なサブセットを持っている必要があり、現実的な実行times.Youを得るために戻ってそれを削り取っする必要があるかもしれません。単一のテストはどのようにお使いのシステムのスケールを教えてくれて、このテストのexistanceの理由の一つは、あなたがworkload.Youのさまざまな側面を増やしながら、具体的パフォーマンスをテストできるようにすることですめったにクラスタ内の静止システムを取得しません。ので、我々はあなたが可能な限り現実的な動作環境などで実行しようとすることをお勧めします。静止システムのベースラインは結構ですが、それはあなたの期待を設定することがunreasonably.top

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