Bio :: DB :: SeqFeature :: Store :: Memory

Bio :: DB :: SeqFeature :: Store :: Memoryは、Bio :: DB :: SeqFeature :: Storeのメモリ内実装です。
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Bio :: DB :: SeqFeature :: Store :: Memory ランキングとまとめ

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  • Lincoln Stein
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Bio :: DB :: SeqFeature :: Store :: Memory 説明

Bio :: DB :: SeqFeature :: Store :: Memoryは、Bio :: DB :: SeqFeature :: Storeのメモリ内実装です。 Bio :: DB :: SeqFeature :: Store :: Memoryは、Bio :: DB :: SeqFeature :: Store.Synopsisのメモリ内実装です。 ＃シーケンスデータベースを開くMy $ DB = BIO :: DB :: SEQFEATURE :: STOR - > NEW（-adaptor => 'メモリ'、-DSN => '/ var / databases / test'）; ＃検索... id by @features = $ db-> fetch_many（@list_of_ids）; ＃... name @features = $ db-> get_features_by_name（ 'zk909'）; ＃... Alias @Features = $ db-> get_features_by_alias（ 'sma-3'）; ＃... type @features = $ db-> get_features_by_name（ '遺伝子'）; ＃... location @features = $ db-> get_features_by_location（-seq_id => 'chr1'、 - start => 4000、-end => 600000）; ＃... attribute @features = $ db-> get_features_by_attribute（{説明=> 'プロテインキナーゼ'}）＃... GFF "Note"フィールド@Result_List = $ DB-> search_notes（ 'kinase'）。 ＃...セレクタの任意の組み合わせ@Features = $ DB->機能（-name => $ name、-type => $ types、-seq_id => $ seqid、-start => $ start、-end => $ END、-ATTRIBUTES => $属性）; ＃... Iterator My $ ITERATOR = $ db-> get_seq_stream（-name => $ name、-type => $ types、-seq_id => $ seqid、-start => $ start、-end => $終了、 - attributes => $属性）; （My $ Feature = $ ITERATOR-> NEXT_SEQ）{＃...特定の地域への検索を制限するMy $ Segment = $ DB->セグメント（ 'chr1'、5000 => 6000） ; My @Features = $ Segment->機能（-type => ）; ＃順序情報を取得して保存する＃警告：これは文字列を返します。 My $ sequence = $ db-> fetch_sequence（ 'chr1'、5000 => 6000）。 ＃データベースに新しい機能を作成するMy $ Feature = $ db-> new_feature（-primary_tag => 'mrna'、-seq_id => 'chr3'、-start => 10000、-end => 11000）。要件： ・Perl


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