Bio :: Graphics :: Glyph :: Segments.

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmentsは、「セグメント」のグリフを扱うPerlモジュールです。
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Bio :: Graphics :: Glyph :: Segments. ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • Perl Artistic License
  • 価格:
  • FREE
  • 出版社名:
  • Lincoln Stein
  • 出版社のWebサイト:
  • http://search.cpan.org/lds/Crypt-CBC-2.29/CBC.pm

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segments. タグ


Bio :: Graphics :: Glyph :: Segments. 説明

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmentsは、「セグメント」グリフに対応するPerlモジュールです。 Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmentsは、 "segments" glyph.synopsisを対応するPerlモジュールです.L とL 。このグリフが使用されています不連続なセグメントで構成された描画機能のため。 "gread_segments"または "alignment"とは異なり、セグメントは一様な色であり、segment.metodsthisモジュールのスコアに依存しない。-maxdepthオプションで明示的に指定されていない限り、maxdepth（）メソッドを無効にするには1を返します。これは、セグメントから継承するモジュールが1レベルのサブファイチャーでのみ提示されることを意味します。 maxdepth（）メソッドをオーバーライドするためにmaxdepth（）メソッドを取得します。次のオプションはすべてのグリフの中で標準です。完全な説明のためにBio :: Graphics :: Glyphを参照してください。オプション説明デフォルト--------------------- -fgcolor前景色black-outlineColorの同義語-fgcolor -bgcolorの背景色ターコイズ - fillColorの同義語-bgcolor - LineWidth Line幅1 - グリフ10の高さ - フォントの高さ - フォントグリフフォントGDSMALLFONT --CONNECTORコネクタ0（FALSE）-CONNECTOR_COLORコネクタカラーブラック - ラベルのラベルを描画するかどうか（FALSE） - 説明を描画するかどうか（false） -Strand_arrow 0（偽）断片性を示すかhillight color undef（色なし）さらに、次のグリフ特異的なオプションが認識されます。-Draw_DNA TRUEの場合、拡大レベルが許すときにDNA残基0（偽）を描きます。 -draw_target trueの場合、倍率レベルが許すときに標的配列のDNA残基0（偽）を描きます。 「アライメントの表示」を参照してください。 -draw_protein_target TRUEの場合、倍率レベルが許せたときに標的配列のタンパク質残基0（偽）を描きます。 「アライメントの表示」を参照してください。 -ragged_extra -draw_targetと組み合わせると、0（false）はアライメントの終わりを超えて追加のベースを描画します。値は追加のベースの最大数です。 「アライメントの表示」を参照してください。 -ragged_start非推奨オプション。 -ragged_extra代代pt代わりに-rdraw_targetと組み合わせると、0（false）が不一致のカラーでの不一致を強調表示します。 「アライメントの表示」を参照してください。 -Mismatch_color 'Lightgrey' -true_targetを使用するミスマッチカラーは、アラインメントがマイナス鎖へのものであっても、天然0（偽）（偽）配向の標的DNAを示しています。 「アライメントの表示」を参照してください。 -reinalignは、InDelsを占めるために0（偽）High MAGでシーケンスを再調整しようとします。 「アライメントの表示」を参照してください。-Draw_DNAフラグを真の値に設定し、次に倍率が十分に高い場合は、下にあるDNA配列が表示されます。このオプションは、-draw_targetと相互に排他的です。詳細はBio :: Graphics :: Glyph :: Genericを参照してください。 -draw_targetは、倍率が個々の塩基を描画できるように十分に高いときにヒットシーケンスのDNAを表示させます。 -RAGGED_EXTRAオプションは、指示された数の基部によって極端な端部で整列を延長させ、そしてESTおよびCDNAの端部のポリアおよびクローニング部位を探すのに有用である。 -show_mismatchは、ミスマッチコールド（デフォルトのライトグレイ）によって示される色でミスマッチベースが強調表示されます。ソースDNA）。マイナスストランドに表示されているときにターゲットの実際のシーケンスを見たい場合は、-true_targetをtrue.noteに設定します。-true_targetは-canonical_strandからの反対の意味を持ちます。それらがプラスストランドに現れるかのような特徴。要件： ・Perl


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