Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattener.

Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattenerは、Genbank-Sourced機能のフラットリストを変えるPerlモジュールです。
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Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattener. ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • Perl Artistic License
  • 価格:
  • FREE
  • 出版社名:
  • Chris Mungall
  • 出版社のWebサイト:
  • http://search.cpan.org/birney/

Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattener. タグ


Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattener. 説明

Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattenerは、Genbank-SourceChed機能のフラットリストを変えるPerlモジュールです。 Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattenerは、genbank-sourceceのフラットリストをネストされたseqfeaturei hierarchyに設定するPerlモジュールです。 Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattenerを使用します。 ＃unflattenerオブジェクトを生成する$ UNFLATTENER = BIO :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER->新規; ＃最初にGenBank Seqi Object $ SEQIO = Bio :: Seqio-> New（-file => 'ae00364.gbk'、-format => 'genbank'）; My $ OUT = BIO :: Seqio-> New（-format => 'ASCIITREE'）;間（$ seq = $ seqio-> next_seq（））{＃get top level unflatted seqfeatureiオブジェクト$ unflattener-> unflatten_seq（-seq => $ seq、-use_magic => 1）; $ out-> write_seq（$ seq）; @top_sfs = $ seq-> get_seqfeatures;私の$ SF（@top_sfs）{＃は、最上位の機能（例えば、遺伝子）で何かを行います。注釈付きゲノムDNAのほとんどのGenbankエントリには、特徴の平らなリストが含まれています。これらの機能は、標準のBio :: Seqioクラスを使用して、Bio :: SeqFeatureiオブジェクトの同等のフラットリストに解析できます。しかしながら、このリストを、遺伝子モデルの性質に従って遺伝子、mRNAおよびCDSSが入れ子になっている実際の遺伝子モデルに類似しているものに排除することがしばしば望ましい。BioPeerlオブジェクトモデルでは、SEQFEATURES間のこれらの種類の関連付けを保存することができます。包含階層 - 任意のSeqFeatureIオブジェクトにネストされたSeqFeatureIオブジェクトを含めることができます。 Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattenerオブジェクトは、基礎となるGenbank Flat-Featureリスト表現からこれらの階層の構築を容易にします。要件： ・Perl


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