Bio :: Tools :: Bplite :: HSP.

Bio :: Tools :: BPLite :: HSPは、Blast Report High Scoring Pair（HSP）です。
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Bio :: Tools :: Bplite :: HSP. ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • Perl Artistic License
  • 価格:
  • FREE
  • 出版社名:
  • Peter Schattner
  • 出版社のWebサイト:
  • http://search.cpan.org/birney/bioperl-1.4/Bio/Tools/BPlite/HSP.pm

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Bio :: Tools :: Bplite :: HSP. 説明

Bio :: Tools :: BPLite :: HSPは、Blast Report High Scoring Pair（HSP）です。 Bio :: Tools :: Bplite :: HSPは、Blast Report High Scoring Pair（HSP）です.Synopsis Bio :: Tools :: BPLiteを使用しています。 My $ REPORT = NEW BIO :: TOOLS :: BPLITE（-FH => * STDIN）; {while（my $ sbjct => nextsbjct）{hsp = $ sbjct-> nexthsp）{$ HSP->スコア; $ HSP->ビット; $ HSP->パーセント。 $ HSP-> P; $ hsp-> match; $ HSP->ポジティブ。 $ HSP->長さ; $ HSP-> QuerySeq。 $ HSP-> sbjctseq; $ HSP->ホモロジーSeq。 $ hsp-> query-> start; $ hsp-> query-> end; $ HSP->ヒット - >スタート; $ HSP->ヒット - >終了; $ HSP->ヒット - > seq_id; $ HSP->ヒット - >重複（$ EXON）;次の行は、ストリーム/ファイルの次のレポートに移動します。そのレポートが空の場合は0を返しますが、それは空のBlastレポートに有効です。 #EOFの-1を返します。 $ REPORT - > _ parseheader == -1;このオブジェクトは、Blastレポートのためのハイスコアリングペアデータを処理します。これが、識別、クエリ、ヒットシーケンス長、P値などが格納され、Blast Reportのまわりでロジックを構築するときに必要な情報のほとんどが配置されている場所です。要件： ・Perl


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