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Bio :: Tools :: Codontable 説明

Bio :: Tools :: CodontableはBioPeRL Codonテーブルオブジェクトです。 Bio :: Tools :: CodontableはBioPeRL Codonテーブルオブジェクトです。 IDSは、ヌクレオチドシーケンスデータベースで使用されるものです。 DNA、RNAおよびアニオ酸のためのあいまいさのコードはすべて認識されています。 #bio :: tools :: codontableを使用するには＃デフォルトID 1 "標準" $ mycodontable = bio :: tools :: codontable-> new（）; $ MyCoDontable2 = Bio :: Tools :: Codontable - > New（-id => 3）; ＃コドンテーブル$ MyCoDontable-> ID（5）を変更します。 ＃印刷（ ''、コドンテーブル番号の名前。 "、$ MyCoDontable-> ID（4）、" IS： "、" n "）、" n "）; ＃codon $ aa = $ mycodontable-> translate（ 'ACU'）を翻訳します。 $ AA = $ MYCODONTABLE->翻訳（ 'act'）; $ AA = $ MYCODONTABLE->翻訳（「YTR」）; ＃reverseR翻訳アミノ酸@codons = $ mycodontable-> revtranslate（ 'a'）; @codons = $ MyCoDontable-> RevTranslate（ 'ser'）; @codons = $ MyCoDontable-> RevTranslate（ 'glx'）; @codons = $ MyCoDontable-> RevTranslate（ 'cys'、 'RNA'）。 #Booleanテスト印刷 "$ mycodontable-> is_start_codon（ 'ATG'）の場合、" startn "です。 $ MyCoDontable-> is_ter_codon（ 'tar'）の場合、 "termianatorn"の印刷 "です。 $ MyCoDontable-> is_unknown_codon（ 'jtg'）の場合、 "Unknownn"は "Is aです"です。 NCBI遺伝子コードで提示されたさまざまな分類学グループでのコドン使用量の完全な複雑さのもう少し完全な画像Codontableは、一次ヌクレオチド配列データベース（GenBank、EMBL、DDBJ）によって使用されるすべての現在の変換テーブルを知っているBioPearlクラスです。 ）。これは、コドンとアミノ酸との間の関係に関する情報を出力するための方法を提供する。このクラスおよびその方法は、DNA、RNAおよびアニオ酸のためのすべての一般的なIUPAC曖昧さコードを認識した。翻訳方法は、EMBLおよびTREMBLデータベースの規約に続きます。それは核酸転写物のRNAとcDNAの表現を分離するための厄介です。 Codontableオブジェクトは、両方の型のコドンを入力として受け入れ、逆方向翻訳時に出力のモードを設定できるようにします。出力のデフォルトはDNAです。注：このクラスは主に個々のコドンとアミノ酸を扱います。しかしスピードの興味においても、より長いシーケンスも翻訳できます。タンパク質翻訳の完全な複雑さは、Bio :: PrimarySeqi :: Translateによって取り組まれています。要件： ・Perl

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