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Bio :: Tools :: Run :: PiseApplication :: Fastaはシーケンスデータベース検索用のBioPeerlクラスです。 Bio :: Tools :: Run :: PiseApplication :: FastaはシーケンスデータベースのBioPeerlクラスです.Search.parameters：FASTA（exc）FASTAプログラムクエリ（シーケンス）クエリシーケンスファイルパイプ：SeqFile SeqType（excl）はDNAまたはタンパク質です。シーケンス（-N）Protein_DB（excl）タンパク質データベースQuucentID_DB（excl）ヌクレオットINSERBASE_LONG（整数）BREX LONGライブラリーシーケンスをブロック（-N）KTUP（整数）KTUP：検索の感度と速度（タンパク質：2、DNA： 6）Optcut（整数）Optcut：最適化のしきい値。 （-C）GAPINIT（整数）GAPINIT（整数）ペナルティ（POLEINS用FASTA、DNA用FASTA、-16）（-F）GAPEXT（整数）GAPEXT（整数）GAPEXT（タンパク質のファーストのデフォルトで-2） 4）（-g）High_expect（float）最大期待値スコアとアラインメントの表示（-e）Low_expect（float）の最小期待値の最小期待値のスコアとアラインメント（-F）ヌクレアチド（整数）ヌクレオトID_MATCH（整数） Match（-r）Quuceutid_Mismatch（整数）ヌクレオチドミスマッチ（-R）マトリックス（excl）スコアリングマトリックスファイル（-s）x_penalty（整数） 'x'（PAMマトリックスとは無関係に）のペナルティ（ - X）コドン間のフレームシフトのためのFramShift（整数）ペナルティ（Fast / TFast ）（ - H）frameshift_within（整数）コドン内のFramShiftのペナルティ（Fasty / TFasty）（ - J）3Frame（スイッチ）検索3つの前方フレーム（TFATA）（-3）反転（スイッチ）の逆補完（すべてのTFASTA）（-I）Genetic_Code（exc）Genetic Cを使用する翻訳用のODE（TFSTA / TFST / FAST ）（-T）バンド（整数）バンド幅（-Y）SWALIG（スイッチ）DNA用無制限スミス - ウォーターマンアライメント（-A）NOOPT （スイッチ）限定の最適化なし（excl）統計計算を指定します。 （-z）ランダム（スイッチ）概算各ライブラリーシーケンスのシャッフルコピー（-z）ヒストグラム（スイッチ）NOヒストグラム（整数）スコア（整数）スコア（-B）ALNS（整数）表示されるアラインメントの数（-d）HTML_OUTPUT（スイッチ）HTML出力（excl）in init1スコアに基づいてzスコアによってランク付けされた整列ININT1（スイッチ）シーケンスの一致とミスマッチの代替表示（excl） -1）Z_SCORE_OUT（excl）Show Normalizeスコアとして（-B）Showall（スイッチ）両方のシーケンスは、アラインメントの全体がそれらの全体（FASTAのみ）（-A）Linlen（Integer）の配列アライメントの出力ライン長（最大200 ）（-W）オフセット（文字列）開始位置x 1 x 2（2）x 2（2桁）（-x）情報（スイッチ）表示（スイッチ）表示順にライブラリーシーケンスの詳細（-l）statfile（outfile）このファイルへのシーケンス識別子、スーパーファミリ番号、および類似度スコア（-R）フィルタ（スイッチ）の小文字のフィルタリング（-S）OUTFILE（OUTFIL e）パイプ：mview_input html_outfile（outfile）要件： ・Perl

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