 | ILAP実験室データ管理、分析、およびプロトコル開発 |
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ILAP 説明
実験室データ管理、分析、およびプロトコル開発 定量的および高スループットの顕微鏡は、科学者に異種データを構造化され編成された方法で保存するという困難な課題を抱えている。利用可能なデータ管理ソリューションの中には、顕微鏡実験の完全な作業フローを網羅する直感的に使用可能なシステムはありません。したがって、実験的なプロトコル開発、ウィザードベースのデータ収集、およびハイスループットデータ分析とハイスループットデータ分析を組み合わせたWebアプリケーションILAP（実験室データ管理、分析、プロトコル開発）を開発しました.ILAPソフトウェアの一意の機能は実験設計段階をサポートすること。科学者たちが湿式ラボ実験のために発展する作業プロトコルは、ILAP内に保存し、修正することができます。最終的に、これらのプロトコルは画像データの取得につながります。次に、取得した画像データをプロトコル内のステップと関連付けるのを支援するためのデータ取得ウィザードを提供します。 DNA蛍光in situハイブリダイゼーションのためのMisfidie のような標準化イニシアチブは、このデータ取得中に必要なパラメータの入力を強制することによって支持することができる。 RAW画像データのさらなる処理および分析は、ILAP内または外部第三者プログラム内で具体的に開発された分析モジュールを用いて実行することができる。興味深い視覚観察は、任意の場所での注意事項として文書化することができます。この柔軟なソフトウェアアーキテクチャのため、直感的なWebインタフェースと一般的なSOAP（Simple Object Access Protocol）ベースのプログラミングインタフェースを開発することができました。このプラットフォームに依存しないプログラミングインタフェースは、imagej のような外部画像処理アプリケーションを使用して、ILAPに格納されているファイルにアクセスできます。画像スタックの3次元デコンボリューションのような計算的に集中的な作業は、高性能コンピューティングインフラストラクチャに透過的に分散されており、結果は基礎となるリレーショナルデータベース管理システム内に格納されます。これらの結果は、元の実験データで自動的に関連付けられています。使いやすさを容易にするために、データ管理とITインフラストラクチャのこの複雑さはuser.ilapから完全に隠されています.ILAPは、顕微鏡コミュニティに自由に利用できるオープンソースプロジェクトです。それは私達の社内顕微鏡施設で広くテストされており、継続的なユーザフィードバックは機能性、使いやすさ、そして答えの改善をもたらしました。 ILAPの独特の美徳は、それが研究プロジェクトの歴史全体を通してデータレコードの完全な実験的な文脈を節約し、実験的な実験的な記録を本質的に導き出すことです。要件： ・Java 2 Standard Editionランタイム環境 このリリースの新機能： ・使いやすさとバグ修正の向上 ・実験、プロジェクトおよび分析手順に添付されているすべてのファイルのプレビューマトリックス ・ポップアップウィンドウのファイルのビッグプレビュー ・プロトコルの比較 ・Genome Usermanagementの重要なバグを修正しました
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