grape.recipe.pipeline.

1つの簡単なステップでグレープパイプラインを設定します
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grape.recipe.pipeline. ランキングとまとめ

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  • GPL
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  • Maik Rder
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grape.recipe.pipeline. 説明

Grape.Recipe.pipelineは、Grape Pipelinesを実行するために必要なすべてのものを準備するPythonモジュールです。グレープパイプライン。すべてのアクセスとパイプラインプロファイルが定義され、ビルドアウト部分が作成されたら、それらを起動して実行します。プロジェクトのFASTQまたはBAMファイルを受信すると、通常は以下のものがあります。 grape.buildout / accession / access / myproject / db.cfg grape.buildout / profiles / myproject / db.cfg2のアクセスとプロファイルを定義します。 Grape.Buildout / Pipelines / MyProject3にパイプラインプロジェクトフォルダを作成します。 grape.buildout / pipelines / myproject / buildout.cfg4でビルドアウトを設定します。 Grape.BuildOut / Pipelines / MyProject5でビルドアウトを実行します。 Grape.buildout / Pipelines / MyProject / Parte / * / * /の使用で最初のパイプラインを実行します。 grape.pipelineによって、これを行う必要はありません。ビルドアウトの一部としてインストールする場合は、この設定をBuildout :: parts = grape.recipe.pipeline eggsに追加する必要があります。 = grape.recipe.pipeline レシピ= hexagonit.recipe.download URL = http://big.crg.cat/mroder/grape/grape.recipe.pipeline-1.1.tar.gz md5sum = 5BD87D4D56A61B019CCC854F040F1D6D宛先= SRC / GRAPE.RECIPE.PIPELINEストリップトップレベルDIR = TRUE HASH-NAME = FALSETHENこのレシピを使用するには、次のようにします。 ... Recipe = grape.recipe.pipeline accession = TestRun1ConfigurationHereのパイプラインの設定方法の完全な例grape.buildoutのテストプロジェクトからのAken access / test / db.cfg :: speies = 2x76 cell = nhek RNe_Extract = LongPolyaローカリゼーション= 1つの資質= SOLEXA type = fastq file_location = $ {buildout：ディレクトリ} /src/testdata/testa.r2.fastq.gz $ {buildout：ディレクトリ} / src/testdata/testa.r1.fastq.gz $ {buildout：ディレクトリ} / src / TESTDATA / testB.r2.fastq.gz $ {増築：ディレクトリ} /src/testdata/testB.r1.fastq.gzサンプル= Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.1 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.1 mate_id = testA.2 testA.1 TESTB .2 TESTB.1 PAIR_ID = TESTA TESTA TESTB TESTB LABEL =テストテストテストテストタイプ= FASTQTHEN PIPELINE実行とプロファイル/ MyProject / DB.CFG :: parts = testrun テンプレート= $ { BuildOut：Directory} /src/pipeline/template3.0.txt projeptid =テストDB = test_rnaseqppeLine commondb = test_rna seqpipelinecommonスレッド= 8 Mapper = GEM Mismatches = 2 cluster = mem_6 annotation = $ {buildout：ディレクトリ} / src/testdata/h.sapiens.ensembl.55.test.gtf GenoMeseq = $ {buildout：ディレクトリ} / src / testdata / hsapiens.genome.hg19.test.fa Recipe = grape.recipe.pipeline accession = testrun the pipelines / test / buildout.cfgは次のようになります。 ../accessionions/test/db.cfg ./../profiles/test/db.cfgthereは、accessionとプロファイルへのポインタです。依存関係ファイルは、重なり、フラックス、宝石、グレープパイプラインのように、すべての依存関係を取り付けることを注意してください。上記のインストールセクションに記載されているように、grape.recipe.pipelineもインストールします.Productのホームページ


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