 | libeditScript.線形空間で編集スクリプトを計算するためのCライブラリ |
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libeditScript. 説明
線形空間で編集スクリプトを計算するためのCライブラリ LibEditScriptは、Linear Space.LibEditScriptで編集スクリプトを計算するためのCライブラリです.LibEditScriptは、高性能編集スクリプト計算ライブラリーを構築することを目的としたプロジェクトです。編集スクリプトは、バイオ情報学と他のいくつかの場所（e.g UNIX DIFF）に非常に使用されています。私たちは、シーケンスのアラインメントを計算する必要があるアプリケーションがいくつかあり、それらのほとんどはo（n ^ 2）空間を取る編集スクリプトを計算するための直接的なアルゴリズムを使用しています。ただし、このプロジェクトでは現在、O（N）空間で編集スクリプトを計算するための非再帰的なスペース効率的なアルゴリズムがあります。基本的な考え方はHirschbergのアルゴリズムに基づいていますが、元のアルゴリズムのように私たちの実装は再帰的ではありません。文字列編集の問題としてよく知られています。 S1S2の最小コストは、ストリングS1とS2との間の「編集距離」として知られている。文字列間の編集距離の計算は非常に大きなアプリケーションを持っています、実際には日々の日の編集距離を使用します。距離を編集することは、2つのファイルを「差分」と計算されるものです。編集スクリプトのコンピューティング編集距離を計算するだけでは、Hirschbergのアルゴリズムは編集スクリプトを計算するためのスペース効率的な動的プログラミング定式化を提供し、アルゴリズムは本質的に再帰的です。この作品では、Hirschbergのアルゴリズムの非再帰版を実装しています。この問題の文脈は、2つの文字列間の編集スクリプト（最小コスト、削除、変更の最小コストシーケンス）を基本的な問題であり、非常に頻繁に発生します。 'diff'などの一般的なUnixユーティリティは、薄型文字列間の編集スクリプトの計算に基づいています。文字列S1S2を変換する動作。アルゴリズムは非再帰的であるため、再帰的なバージョンのHirschbergのアルゴリズムを構築する方法は次のとおりです。このアイデアで効率的なデジタル回路を構築できます。単純な循環キューを使用してDFS（Depth First Search）を適用し、アルゴリズムの任意の段階でこのキューの容量がθであることを証明できます（Log（min（n1、n2））。証明は単純です。所与の文字列から長い長さを有する幾何学的に減少したストリング（min（n1、n2））。深さの最初の検索とサブ問題の木の深さはθ（log（min（n1、n2））であるため、 extryθ（Log（Log（Min（N1、N2））アルゴリズムの任意の段階での循環キュー内のサブアレブス。
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