mind然 Mindyは最小限の分子動力学プログラムです。
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mind然 説明

Mindyは最小限の分子動力学プログラムです。 Mindyは、NAMDソースコードから派生した非常に単純なシリアル分子動力学プログラムです。現在XPLORパラメータと構造ファイルを使用しています。プログラムは非常に簡単なC ++で書かれています。installationUnpackの配布。 "Mindy"という名前のディレクトリが作成されます。 MINDYディレクトリには、2つのサブディレクトリ、 "src"と "test"があります。 "src"ディレクトリには、srcディレクトリ内の "make"をbidel g ++を使ってビルドする "make"をビルドするソースコードとmakefileが含まれています。別のコンパイラまたは異なるコンパイラのフラグを使用してMINDYを構築したい場合は、MakeFileのビルドターゲットの1つを使用するか、新しいファイルを追加します。実行可能ファイルはMindy_ $ ARCHという名前で、Archはプラットフォームです。デフォルトでは、これは "g ++"です。mindyのコマンドライン構文は次のとおりです.miney nsteps pdffile psffile paramfilenStepsを指定するタイムステップを指定します。 PDBFILEとPSFFILEは、シミュレートしたいシステムの座標ファイルと構造ファイルです。 ParamFileはあなたのパラメータファイルの名前です。 PSFファイルとパラメータの両方がX-Plor形式でなければなりません。テストディレクトリには、Mindyの入力として使用できる2セットのファイルが含まれています。 「アラニン」は66原子ポリペプチドであり、「BRH」は3762個の原子を含むバクテリオロドプシンの結晶構造である。 Mindy 1000 Alanin.pdb Alanin.psf alanin.paramsatコマンドラインを入力してAlaninを実行します。

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