 | マカピーDNA特性とタンパク質配列を研究するJavaベースの包括的なプロジェクト |
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DNA特性とタンパク質配列を研究するJavaベースの包括的なプロジェクト MACPIEまたは多目的自動ゲノムプロジェクト調査環境は、DNAおよびタンパク質シーケンスの自動表示のためのソフトウェアバンドルである。ORFの符号化尤度に関するマサギは6個の属性のセットとして示されている。この情報は、Contig GraphicsとGreenページのORF情報行にあります。最初の3つの属性FACはシーケンスの計算可能な特性を反映していますが、PDMは（データベース検索によるデータベース検索による）外部証拠について説明しています。ボックス内の青い（レベル1）、ORFが本当にコーディングシーケンスである可能性が高くなります。・F :(はい/いいえ）潜在的なコーディングシーケンスは、この生物のコドン使用プロファイルに合う（FITテストの99％の信頼性の良さを使用して）・A：（YES / NO）はシーケンスのA + G％です。 > 50％、多くの生物におけるコード配列の特徴・C :(レベル1,2,3または4）第2および第3のコドン位置におけるG + C補償のレベルは何ですか？ほとんどの生物は、G + Cの内容のパターンを3番目の「Waggle」の位置でより高くなります。・P：（レベル1,2または3）は、タンパク質レベルの一致（例えば、GenPept、またはタンパク質レベルのmRNA / cDNAヒット）で構成されている最良のレベルの証拠を示しています。 3）比較のDNAレベルでのDNAシーケンスとの試合からなる最高レベルの証拠（例えば、GenBankからの検索）・M :(レベル1,2または3）は、私たちが持っている証拠の最良のレベルを示していますタンパク質ファミリ（PFAM）または既知の結合部位パターン（Prisite）要件への試合の ・Java.
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