マッキーデ MacClade - 系統解析用に設計されたソフトウェア。
今すぐダウンロード

マッキーデ ランキングとまとめ

マッキーデ タグ

分析 ダイアグラム ダイアグラムを作成します 系統 系統解析 樹形図

マッキーデ 説明

MacClade - 系統解析用に設計されたソフトウェア。 MacCladeは、David MaddisonとWayne Maddisonによって書かれた系統解析のためのコンピュータプログラムです。その分析強度は文字Evolution.Maccladeの研究にもあります。多くの新しいディスプレイモードと編集ツールを含みます。これらのうちのいくつかは一般的ですが、大多数は分子配列データでの使用のために設計されています。ここでは、これらのうちのいくつかについて説明します。データの表示・データの表示方法については多くのオプションがあります。ここでは2つの例があります。・状態の変動のパターンがより明白になるようにMacCladeにカラーデータセルに尋ねることができます。・タンパク質コードをコードするヌクレオチドデータを用いて、マックレードにアミノ酸翻訳を示すように依頼することができる。この翻訳は、例えばアライメントツール（次のセクションを参照）を使用してヌクレオチドに変化するという意味で、ヌクレオチドに変化する（次のセクションを参照）、編集者のアミノ酸への即時の更新を引き起こします。・MacClade 3では、エディタで利用可能なツールは1つだけです。矢印。 MacClade 4はツールパレットを持っています。計算にはいくつかのオプションがあり、厳密なストリンジェンシーのコンセンサスシーケンスを表示できます。・オブジェクトの一覧表示とオブジェクトの選択と操作・マックレード3では、文字とそのさまざまなプロパティを一覧表示する文字ステータスウィンドウがあります。これは、文字の重みや種類を変更できるウィンドウです。 MacClade 4では、文字リストウィンドウが大幅に改善されており、TAXA、ツリー、ウェイトセット、タイプセット、包含セット、文字セット、および分類セット用の同等のウィンドウもあります。これらのウィンドウでは、これらのオブジェクトを変更、並べ替え、削除、および変更することができます.PAUPとの間のインターセリクト。・PAUPとMacCleadeの間の相互作用を改善するためにMacClade 4に追加された機能がいくつかあります。ここに3つの例があります.Nexus Block Management・Paupブロックを含むデータファイルに含まれるさまざまなNexusブロックを操作できるようになりました。これにより、PAUPがファイルを実行するとPAUPが処理するコマンドを1つ編集できます.Constraintツリー・スクリーンのツリーを制約ツリーとして画面に保存するようにMacCladeに依頼することができます。これを行う場合は、ファイルをMacCladeで保存してからPAUP *で再実行し、PAUPの検索およびフィルタリングコマンドで使用するために制約が使用可能になります。・MacClade 4は減衰インデックスを計算しません）それ自体、MacCladeのツリーウィンドウのツリー上のすべてのクラードの減衰インデックス値を計算するのに必要なテキストコマンドを含むPAUPファイルを作成します。その後PAUPでこのファイルを実行すると、PAUPはディケイインデックスを計算するためにすべての関連検索を実行します。 ・分類リストウィンドウの不確実性または多型の数を示す。

マッキーデ 関連ソフトウェア