モーケル あなたのMacのための無料およびオープンソースの分子視覚化アプリケーション
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モーケル 説明

お使いのMac用のフリーでオープンソースの分子可視化アプリケーション Molekelは使いやすいと無料のマルチプラットフォーム分子可視化プログラムするために、オープンソースです。ここで「Molekel」のいくつかの主要な機能は次のとおりです。 ・異なるファイル形式から分子データを読みます ・様々なスタイルで表示分子：空間充填、ボールやスティック、ボールとワイヤー、スティック、バックボーン（残基）、リボン（残基）、回路図（残留） ・変更原子と結合サイズ ファイルから・リード原子の色 ・ディスプレイの双極子モーメント（この情報を含む分子のフォーマットのため） いくつかのファイル形式で利用可能な軌道や振動の情報を使用してアニメーション・原子 ・アニメイト分子は、マルチフレームPDBとXYZファイルから読み込みます 各アニメーション原子の運動の速度と方向を表示する・ディスプレイ矢印 ・アニメーションの分子表面（amimationをエクスポート中） ・距離（二面）角の計算を行います ・スカラー場（例えば、静電電位）を可視化し、3次元空間内の特定の点におけるスカラー場の値を表示する平面プローブを使用します。 ・可視化分子軌道任意に静電ポテンシャルで色分けイソは、面。 ・可視化は、必要に応じて静電ポテンシャルで色分けされた密度行列から生成された表面。 ・可視化は、必要に応じて色分けされた静電電位をグリッドデータから面（ガウスキューブ形式またはADFのtape41ファイルから読み取ります）。 ・ラプラシアン平滑化とグリッドデータから生成された面（ガウス.cube）をスムース ・使用したグリッドデータは、SASとSESの表面上にマッピングするために、分子の静電ポテンシャルとして.cubeファイルから読み込みます ・計算溶媒接触可能表面を等値面は、必要に応じて静電ポテンシャルで色分けされています。 ・計算及び表示溶剤は、必要に応じてM.F.を使用して、表面除外しましたSannerのMSMSプログラム（強く推奨）、ここではそれを得ます 分子ファイル形式の数に・エクスポート分子 （openBabelなどによる実験、）POVへ・エクスポート ・TIFF、PNG、PostScriptおよびPDFへのエクスポートに ・プログラマブルシェーダ（GLSL）のサポート ・放射スペクトルの可視化（赤外線およびラマン） アンチエイリアシングおよび多層透明な表面の正確なレンダリングと・高品質のマルチパスレンダリング ・振動モードの配合 このリリースの新機能： 透明なオブジェクトを正しくレンダリングするために剥離深さ・サポートが追加されました。 OpenGLの2.0カードを必要とし、いくつかのシステムで正常に動作しない場合があります。透明オブジェクトのレンダリングの速度/品質に影響を与える深さ剥離のパラメータがディスプレイ - >表示のプロパティ]ダイアログで設定することができます。 ・PostScriptおよびPDF出力で赤外線およびラマンスペクトルのプロットを追加しました ・VTK 5.1との統合（まだ正式リリースがありませんので、CVS版） ・デフォルトでは無効になってアンチエイリアシング、サポートが追加されました。ディスプレイ - > ダイアログボックスを使用して有効にすることができます。 ・透明性と軌道面の色を変更できるようになりました。 ・電子密度表面ダイアログの永続的な設定のサポートが追加されました。 ・VTK 5.1で正しく動作新しいX線シェーダを追加しました。 バグを修正しました： ・392 - 多分子GAMESS入力のサポートを追加します。 ・401 - コノリー表面を削除することはできません ・403 - コマンドラインのサポート ・404 - エラーがMolden分子軌道データを読み込みます ・405 - 両方の軌道色の透明度一致しない（特定のカード/ドライバに依存） ・406 - アニメーションは、分子を削除した後に実行されます ・408 - 機能要求：ゼロからの軌道のインデックスを開始 ・420 - ウインドウを閉じるときに設定が保存されません ・421 - グリッドデータから表面：経過時間レポート間違っ ・422 - 透明SESとアニメーションを保存できません

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