モデレフィー

はモデルフリーパラメータに緩和率にフィットします。
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モデレフィー ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • GPL
  • 価格:
  • FREE
  • 出版社名:
  • Arthur G. Palmer
  • 出版社のWebサイト:
  • http://biochemistry.hs.columbia.edu/labs/palmer/software.html
  • オペレーティングシステム:
  • Mac OS X 10.0 or later
  • ファイルサイズ:
  • 1.2 MB

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モデレフィー 説明

モデルフリーパラメータに緩和率にフィットします。 Modelfreeは、「Lipari-Szaboモデルの無料」パラメータを異方性核緩和に最適化するように設計されたプログラムです。このプログラムは、13 Cと15 Nの任意の組み合わせについて、スピン - 格子緩和速度定数(R 1)、スピン - スピン緩和速度定数(R 2)、および異常な定常状態{1 H} -X核オーバーハウザ効果(NOE)を分析することができる。最大5つの静磁場でスピンします。このアルゴリズムは、R1、R2およびNOEのための双極性および化学シフト異方性(CSA)緩和機構を仮定し、R2の化学的交換の拡大を説明するための添加項を含む。複数のフィールドのデータが利用可能である場合、取引所の広がりパラメータは静的磁界に関して四分位でスケーリングされる。モンテカルロシミュレーションを用いたモデル選択、最適化、および誤差解析で利用される主な原則の説明は、以前に公開されています(Palmer et al。、1991; Mandel et al。、1995).Modelfreeには、回転拡散のための3つのモデルが組み込まれています。 Brentの方法は、等方性全体拡散モデルのための単一のグローバルτmを最適化するために使用されます。 Powellの方法(Brentによって実装されているように)またはシミュレートされたアニーリングプロトコル(下り合いシンプレックス方法に基づく)は、軸対称の拡散モデルのためのグローバルな回転拡散テンソルを最適化するために使用されます。各スピンについての局所的な回転相関時間τmiは、非線形最小二乗回帰によって最適化することができる。他の内部モデルの自由パラメータ(次数パラメータ、内部相関時間および化学的交換項)は、拘束されていない最小二乗法によって最適化されています。最適化されたNDの単純な境界を任意のパラメータに配置できるのではなく、任意のパラメータを入力値に固定できます。モンテカルロシミュレーションは、モデルフリーパラメータの不確実性を推定し、Fテストに基づいて統計的モデル選択を実行するために使用されます。誤差分析におけるモンテカルロシミュレーションの使用に関する良好な議論は、Press et al。 (Press et al。、1986)。このリリースの新機能: ・SGIプラットフォームのためのサポートを終了しました。現在のLinuxとMac OSXだけがサポートされています。 ・終端基準とF統計誤差のシミュレーション分布。 ・失敗した最適化ステップが修正された後、最小化アルゴリズムが不適切に終了することを引き起こしたEdward D'Auvergneによって識別されたバグ。 ・有効パラメータをアクティブセットに返すことができるかどうかのテストのバグが修正されました。 ・グリッド検索を変更して、正確な上限と下限はグリッド検索ポイントではありません。 ・最大残基数を300に上げた。


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