サイトスコープ 分子間相互作用ネットワークと生物学的経路を視覚化するためのオープンソースバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォーム
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分子間相互作用ネットワークと生物学的経路を視覚化するためのオープンソースバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォーム CytoScapeは、分子間相互作用ネットワークや生物学的経路を視覚化するためのオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームであり、これらのネットワークを注釈、遺伝子発現プロファイルおよびその他の状態データを組み込む。そして視覚化。 CytoScape Core Distributionは、データ統合と可視化のための基本的な機能セットを提供します。プラグインとして追加機能があります。プラグインはネットワークと分子プロファイリング分析、追加のファイル形式のサポート、スクリプト、新しいレイアウト、およびデータベースとの接続に使用できます.Plugins Javaテクノロジとプラグインコミュニティ開発に基づくCytocape Open APIを使用して、Pluginsが開発されることがあります。ここに「Cytoscape」の主な機能があります。 多くの標準をサポートします。 ・CytoScapeは、SIF（単純なインタラクション形式）、GML、XGMML、BioPax、PSI-MI、SBML、OBO、およびGENE Associationを含む多くの標準ネットワークと注釈ファイル形式をサポートしています。区切りテキストファイルとMS Excelワークブックもサポートされていて、他のアプリケーションやスプレッドシートプログラムによって生成された表現プロファイルやGOアノテーションなどのデータファイルをインポートできます。この機能を使用して、ノード、エッジ、およびネットワーク上で任意の属性をロードして保存できます。たとえば、タンパク質のカスタム注釈用語のセットを入力して、タンパク質 - タンパク質相互作用の一連の信頼値を作成してください。 Webサービスクライアント： ・CytocapeはWebサービスクライアントとして機能します。つまり、CytoScapeは外部の公開データベースに直接接続し、ネットワークとアノテーションデータをインポートできます。現在、経路コモンズ、無傷、バイオマート、NCBI ENTREZ遺伝子、およびPICRが支持されている。そして、私たちは人気のあるデータベースのための新しいサービスクライアントを開発し続けています。 相互運用性： ・CytoScapeは標準ファイル形式のインポート/エクスポートをサポートしているため、ワークフローに簡単にサイトコケを入れることができます。たとえば、IGRAPHまたはBIOCUNDUCTORによって生成されたネットワークデータがある場合、CytoScapeはファイルをテキストテーブルとしてロードでき、他のBioInformatics Toolsまたは独自のプログラム/スクリプトのPSI-MI形式でエクスポートできます。 セッションファイル： ・ワンクリックで作業を保存することができます。設定、データファイル、およびビジュアライゼーションはすべてセッションファイルにパックされます。それはCytoScapeセッション（.cys）ファイルと呼ばれます。 CytoScapeセッションファイルには、ネットワーク、属性（ノード/エッジ/ネットワーク用）、デスクトップ状態（選択/隠しノード、エッジ、ウィンドウサイズ）、プロパティ、プロパティ、プラグイン状態、およびビジュアルスタイルが含まれます。 要件： ・Java SE 5以降

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