バイココア オープンソース、Objective-Cフレームワークの解析と書き込みシーケンスファイル形式
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バイココア 説明

シーケンスファイルフォーマットの解析と書き込みのためのオープンソース、Objective-Cフレームワーク Biococoaは、バイオインフォマティクスのためのオープンソースおよびObjective-CベースのCocoAフレームワークです。 Cocoaは迅速なアプリケーション開発のための素晴らしい枠組みであり、したがって革新的なバイオサイエンションアプリを作成するためにしばしば使用されます。開発をさらにスピードアップするために、バイオコカアは、分子生物学とバイオフィルギー学に特有の再利用可能なココアクラスを提供したいと考えています。現時点では、Biococoaは、生物学的シーケンスのモデルクラス、アライメントのコントローラクラス、シーケンス操作、およびI / O、Entrezとビュークラスとのインターフェースと、自分のアプリケーションでシーケンスを簡単に表示して動作させることができます。このリリースの新機能： ・シーケンスのディスクベースのサフィックス配列を構築し、それらのサフィックス配列を使用してシーケンスの最大共通プレフィックスを見つけるための新しいBCSuffixArrayおよびBCMCPクラス。 ・シーケンス全体をメモリに読み取らずにシーケンスデータを読み取ることを可能にする新しいBCCachedSequenceFileおよびBcCachedFastAfileクラス。これは全ゲノムのような非常に大きな配列を扱うのに役立ちます。将来のリリースは、シーケンスがメモリ内にあるかディスク上でキャッシュされているかにかかわらず、一貫したシーケンスインターフェイスを提供するBCCachedSequenceをサポートします。 ・BCFileFormatを使用して、BCSequenceReaderにファイル形式を指定できます。 ・ドキュメンテーションの更新。 ・GNUSTEPへのより完全なポート、すべてのBCfoundation機能が利用可能になるはずです。 ・400/64ビットおよびPPC / Intelプロセッサをサポートしています。

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