| | プーマ区分モデル妥当性のベイジアン分析のためのツール |
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プーマ ランキングとまとめ
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- ライセンス:
- GPL
- 出版社名:
- Jeremy Brown
- 出版社のWebサイト:
- https://plus.google.com/102114905565486406733?prsrc=2
- オペレーティングシステム:
- Mac OS X
- ファイルサイズ:
- 5.1 MB
プーマ タグ
プーマ 説明
PUMAは、事後予測シミュレーションを用いてベイズの文脈における配列進化の系統発生モデルの妥当性を評価するJavaベースのアプリケーションです。分子データを用いたベイジアン系統発生推定の精度は、配列進化の適切なモデルの使用に依存することが示されている。選択肢のプールから入手可能な最良のモデルを選択しているが、統計的系統発生学における標準的な実践になってきたが、選択されたモデルの妥当性の評価はまれである。ベイジアン系統発生推論のためのプログラムは最近、サイト間のプロセスの不均一性を説明するシーケンス進化のモデルを実装し始めていますが、これらのモデルの妥当性を評価するためのプログラムは存在しません。 PUMAは、ベイズの文脈におけるDNA配列進化の分割、非パーティション化、および混合モデルの妥当性を評価するための後方予測シミュレーションアプローチを実装している。モデル適合性の評価は、経験的系統発生薬がそれらの結果に適切な信頼性を持ち、シーケンス進化のモデルの改善における理論系統発生薬の努力を導きます。
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