化学開発キット 計算化学のためのオープンソースJavaライブラリ
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化学開発キット 説明

計算化学のためのオープンソースのJavaライブラリ 化学開発キット（CDK）は、バイオ・ケモインフォマティクスと計算化学のためのJavaライブラリです。化学開発キットはJChemPaint、SENECA、のJmol、およびNMRShiftDBのような他のプロジェクトの基本です。要件： ・Java. このリリースの新機能： ・固定のparamの名前 ・現在のビルドシステムで動作するようにmakefp3dターゲットを更新しました ・1.2.4リリース用ブランチを設定します ・修正バグSMARTSパーサーに2898399.更新（H、1H、2Hおよび3Hなど）明示的な水素のための適切なマッチングを処理します。 SMARTSQueryVisitorは、アカウントの適切Hマッチングに取るように考慮にH.も更新ユニットテストの異なる同位体を取るために更新します。さらにチェックHマッチングにユニットテストを追加しました。 ・水素を一致させるためにテストを追加しました ・笑顔ジェネレータのバグ2898032.更新のJavadocのテストを作り直し ・バグ2898032のために確認し、チェックを追加しました単体テスト ・また、単一原子のクエリの特に注目すべき行動にJavadocを更新単一原子のクエリを処理するためにUITを更新し、バグ2888845.のためのユニットテストを追加しました ・Javaのソースの瓶を追加しまし世代 ・改行せずにXMLを許可するマッチャを修正（＃2832835を閉じます） ・PubChemのXMLファイルの検出のためのユニットテストを追加しました。 ・上書きユニットテスト、NoNotificationインターフェイスの実装のために、すべての周りに渡された何の変化イベントが存在しないので、 ・ICRYSTALフィールドのIChemModelイベントの伝播のための追加された行方不明のユニットテスト ・変更が子IChemObjectsに作られていますIChemModelに変更イベントの固定伝播 ・固定ユニットテスト：IChemModel.setFoo（ヌル）は、実際にIChemModelのリスナーに、そしてないのFooオブジェクトの登録を解除した後に変更イベントを与える必要があります。 ・出力を2D座標を強制する新しいIO設定の機能に単体テストを追加しました。 3D座標は今好ましくは出力され、あまりにも存在している場合・2D座標の力書き込みにライターIOオプションを追加しました。 ・追加されたユニットテストは、2Dおよび3D座標が利用可能である場合、3D座標が出力されていることを確認します。 ・固定タグレット：タグが実際に指定された場合のみ、HTMLを返します。タグが見つかった場合、toString（）メソッドは、だけでなく、すべてのケースについて説明されています ・DescriptorEngineのさまざまな部分を引き起こしていたFixedaバグが失敗する - それは、ディスクリプタのパッケージディレクトリに存在することが起こる非ディスクリプタ・クラスをインスタンス化しようとしていました。この修正は、ビット場しのぎで - 理想的な記述子のみがそのディレクトリにする必要があります ・修正ClassCastExceptionがないときは、IMolecule ・より正確なエラー報告を与え、多くのバグ修正とPMD 2.4.5にアップグレード ・ユニットテストのいずれかで使用されている、CDK-diffの上で不足している依存関係を追加しました ・固定方法名は、テストクラスのものと一致します ・固定テストメソッド名は、カバレッジテストが失敗固定、期待pattersに合わせて ・重複コードを削除しました：MolecularFormulaTestは今AbstractMolecularFormulaTestを拡張します ・右の方法をポイントに固定された試験方法注釈 ・追加しました行方不明@TestMethod注釈 PMD試験から欠落していた・追加されたモジュール doccheck試験から欠落していた・追加されたモジュール バグのパッチ・SDGによってNaNの座標の修正世代へ2843445.狙い ・BufferedInputStreamをでInputStreamをラップすることによって、いくつかのプラットフォーム上での例外「マークをサポートしている必要があります入力」を与えないようにユニットテストを修正してください。 ・追加されました行方不明の依存関係 ・テストにモジュールにioformatsを追加しました 複数行フィールドデータが発見されたSDファイルのための巨大なパフォーマンスの向上を与えるフィールドデータを集約する・利用のStringBuilder、。 ChEBI_complete.sdfのような非常に多くのフィールドデータSDファイルの巨大なパフォーマンスの向上を与えるフィールドデータを集約する・利用のStringBuilder、 ・SDファイル・データ・ブロックを読み込むの手順因数分解 ・バンプのバージョンは、それが、これは1.2.3のリリースではありません明確にします ・固定cdk.threadnonsageタグ（＃2796362をクローズ）に登録します ・古いsvnrevタグから削除廃止されたパターン 古いsvnrevタグの痕跡を除去するために・固定のJavaDoc ・インプリメンテーションと同期例外メッセージ（修正＃2844333） ・ポーリング電気陰性度は、同様の構成にコピーされます。我々が持っているすべてのものをコピーしていない理由を私は見ることができません。 ・追加されましたバグ注釈 バグ＃2846213用・テスト・ケース ・N.sp2は現在のアカウントに与えられた水素のカウントを取ることによって、検出されたN.planar3のを修正認識。 ・固定すべて単結合によるベンゼンの認識が、水素カウント1との結合が芳香族フラグを立て。この場合、タイプはC.sp2はC.sp3ではありません。 ・値がnullでないことのためのユニットテストにアサーションを追加しました 結合次数情報のみSINGLEあり、かつ水素カウントと芳香族フラグが設定されている場合、炭素原子の種類が正しく認識されていません。・同じ問題のための2つのユニットテストを追加しました。 ・今動作しているようですorg.openscience.cdkパッケージにクラスを移動しました。それは以前にはなかった、なぜ私は困惑しています。いくつかのユニットテストが失敗した解決しました。 ・マージブランチのsshの 'CDK-1.2.xでは'：CDK-1.2.xのに//egonw@cdk.git.sourceforge.net/gitroot/cdk ・CustomSerializerを持つことを可能にするXOMジャーを□Yes非密封 ・固定のJavadocエラー ・間違ったjavadocタグを修正しました。また、gitのタグに置き換え、SMARTSパーサーJJTファイルにSVNのタグを削除 ・公共列挙型の」のサポートが追加されました。 ・bondtools.isStereo（IAtomContainerコンテナ、IAtom stereoAtom）のバグを修正。ネストされたループ内の原子記号の比較ですが倍外側のループのカウンタを使用していました。モルガン番号へのフォールバックの並べ替えがあるので、それは、前に働いていた注意してください。モルガン（修正＃2830287）へのフォールバック ・bondtoolsのための新しいテストを追加しました ・間固定矛盾が受け入れる（）およびライト：受け入れるとしても（IAtomContainerSetとIAtomContainerの書き込みをサポートする）を示している（修正＃2827745） ・一般的な書き込みの間の整合性をテストするためのテスト（）と受け入れ（）、すべて受け入れIChemObjectの缶も書かれることをテストします 2 SMILESに対して一貫性のない原子タイピング：・バグ＃2826961のためのユニットテストを追加しました。ユニットテストは、CDKのバグを除外、失敗表示されません。 ・削除誤った文をスローします ・バグは、負に帯電している場合、分子式所与の正確な質量を計算することを見出しました。 ・固定OWLになりましたCDK / dictの/データ/ elements.owlデータベースの読み込み ・問題を修正しました2458210：使用assertNotNull（FOO）などの代わりに、いるassertTrue（FOO = nullを！）。 BondManipulator.getMaximumBondOrder用・追加された最小の当量（）メソッド ・修正がアサート：除去した後、*全く*変更が記録されるべきではありません ・出力CMLにおけるXML宣言文の無効ジェネレータに追加IOオプション。 ・常に同じ一覧を返すことによって、ジェネリック医薬品、およびconsistifiedコードを追加しました「？」。 （JavaDocsの中そして、いくつかの80文字の修正。） ・ときというテストにユニットテストを追加しましたセットChemModelがリスナーとして登録を解除する必要があり、ChemModelから削除されました。 ChemModelに設定します。・からイベント伝播のためのユニットテストを追加しました。 ・フラグのより多くのテスト。 ・ジュニアジョブIDのための修正：試験方法一つだけ例外をスローする必要があります。 ・行方不明の輸入を修正し、80個の文字に包まれました builder3dの取り扱いベターexcpetion： NullPointerExceptionsが原因ではないとヌル形式電荷を持つIAtomさんの・固定シリアライズ ・MDLのmolfile形式にヌル形式電荷の直列化のための追加されたユニットテスト（現在は失敗しています） サポートされていない機能を示すために、SMARTSクエリーツールの・更新のJavadoc ・スプリアス行末を削除するには、ソースファイルをクリーンアップ

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