繰り返し機能システム 大きなゲノムを簡単に可視化します
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繰り返し機能システム 説明

大きなゲノムを簡単に視覚化します 繰り返し機能システムは、カオスゲーム表現CGR（Jeffrey 1990）による大型ゲノムの可視化のための無料で使いやすいツールです。 CGRはDNA配列を色の画像に変換します（右側の図）。すべてのピクセルは、n-merと呼ばれるn個のシンボルの短いシーケンスに対応します。ピクセルの色は分析されたシーケンスにおけるn mer周波数を反映している。可視化の主なパラメータ、すなわち視覚化に使用されるゲノムの領域は、窓の上部のスライダによって制御される。ユーザーは、開始位置と長さを入力するか、スライダーコントロールを使用して、ゲノムを介して領域を迅速に移動させることで、領域を直接指定できます。領域の実際の位置と長さは、対応するサイズの赤いバーとして表示されます。ユーザーが機能を選択した後、その説明が右側に表示されます。視覚化ボタンを使用して、選択した機能をすぐに視覚化できます。これにより、単一のクリックによって単純なクリックによってゲノムの重要な部分を簡単に分析できます。視覚化のパラメータは、視覚化設定のセクションに記載されています。色範囲、すなわちカラーヒートマップへのオリゴマー頻度の変換を調整することができる。最小値は青と最大赤色で表示されます。色範囲の自動調整が選択されると、最大値は常に再計算されて最も頻繁なオリゴマーを赤色で表示します。カラーヒートマップの対数スケール、すなわちログ（Count）がカウンタ値に適用されることによって、低く高周波のオリゴマーの強調が同時に達成することができる。

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