吊り革 タンパク質をシーケンスと3D構造で揃えるユーザーフレンドリーなJavaプログラム
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タンパク質をシーケンスと3D構造で整列させるユーザーフレンドリーなJavaプログラム ストラップは、数百のタンパク質の同時分析をサポートし、アミノ酸配列、3D構造およびゲノム - およびmRNA配列、二次構造および残基の注釈を統合するクロスプラットフォームプログラムである。アラインメントはMS-Wordで輸出および修正することができます。または他のテキストプロセッサに含まれるチュートリアルは、1時間ほどストラップの使用を教えます。スクリプト性と拡張性は、最も高度なユーザーでさえも強力なツールをストラップする。これが「ストラップ」の主な機能です。 ・シーケンス整列の計算 ・Wikiの計算：3D重ね合わせ（出力）および構造に基づく構造に基づくタンパク質の複数のアライメント：TM整列またはCEまたはギャングスタ+ 3D - 重ね合わせ。組み合わせシーケンス構造アラインメント ・Wikiを用いた3D視覚化：PymolまたはWiki：JMOLまたはRASMOLおよびVMD。準備中：YASARA強調表示、Wiki：SNP、Wiki：3D中の高シーケンス保全を伴うエクソン - イントロン境界または地域。 3Dオブジェクト、シーケンスとアライメントの間の即時クロス選択 ・Wiki： "Blast Alert"を含む爆風検索 ・予測：Wiki：膜貫通ヘリックス、Wiki：二次構造とWiki：コイルドコイル ・ヌクレオチド配列のアミノ酸配列への翻訳。ヌクレオチドアラインメントとしてのアミノ酸アラインメントの出力 ・タンパク質ファイル形式：Wiki：Swissprot、Wiki：PDB、Wiki：Fasta、MSF、Biowiki：ストックホルム、Wiki：Clustalw、Wiki：Nexus、HSSP Wiki：Genbank、Embl ・ATV、Wiki：Jalview and Genebeeの系統樹 ・残渣の注釈とヌクレオチド注釈 Wiki：Wikiを使用した正規表現（すなわちPrisite-Patterns）：インクリメンタル検索とWiki：Wikiからのシーケンス機能：DASサーバ： シーケンスの低いシーケンスの類似性が低いため、次のようにします。 ・CeとTM整列を用いたC-アルファ原子の3D重ね合わせ空間等価残渣 ・ドットプラット ・中間シーケンス ・混合配列アラインメントとタンパク質構造アラインメント ・Wiki：プラグインは、サードパーティの開発者からのストラップの拡張です。 要件： ・Java. ・Objective-CとFortran用のコンパイラ

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