BioImageXD 多次元生物医学画像の分析と可視化のための無料オープンソースソフトウェア
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BioImageXD 説明

多次元生物医学画像の分析と可視化のための無料オープンソースソフトウェア BioImageXDは、マルチディメンション、マルチデータチャネル、マルチサイズのマルチデータチャネル、顕微鏡やその他のソースからの時系列画像データを分析、プロセス、およびレンダリングするのに役立つ無料のオープンソースソフトウェアです。 "BioImageXD"の主な機能はいくつかあります。 画像表示： 一般的な顕微鏡フォーマット（または画像または画像のスタック、時系列）でデータを開き、データ画像を画像で表示します。サポートされているデータフォーマットは次のとおりです。 ・Carl Zeiss .LSMファイル ・olympusfv1000 of.if. ・ライカ共焦点顕微鏡データファイルSP2 .TXTおよびSP5 .LIF ・番号付きイメージスタックインポート ・VTK XMLイメージファイル ・画像閲覧は、Free Carl Zeissと他の共同焦点メーカーの画像視聴者とおおよそ匹敵するが、3Dレンダリングが良好である。視点モードAvaialbleは、スライス、直交区間、最大強度投影、3Dレンダリングです。時系列データがサポートされています。 画像処理： ・色/明るさ/コントラスト/ガンマを調整し、データセット/チャンネルの色やパレットの変更、ノイズを除去し、時系列データで蛍光漂白を補正します。 ・3Dセグメンテーションとオブジェクトアナニシス。 3Dボリュームレンダリング： ・3Dデータセットは対話式でレンダリングされる可能性があります。 ・ソフトウェアレイキャスティング（遅くなるが最も美しい。多くのプロセッサを持つことによって警戒されている） ・OpenGLグラフィックスカードテクスチャマッピング（より速いが解像度の低い - テクスチャ肉体サイズに応じて） ・Terarecon Inc. VolumePro1000ハードウェアレイキャスティングボード（開発の支援） ・色と不透明度伝達関数は完全にユーザー定義されています。ボリュームは、マージされたマルチチャンネルRGBデータセットを3Dでの共同局在を表示するか、3D共局在マップをレンダリングすることができます。 BioImageXDはOpenGLとVTKインターフェースを使用します。ハードウェアステレオビュー（クワッドバッファフリッピングおよび赤青アナグリフ、およびその他のモード）を有効にする予定です。あなたはそれらの3Dメガネを侵除することができるでしょう、そして本当にあなたのデータを見ることができます！これは3D顕微鏡検査の将来です。 映画作り： ・Animatorモジュールを使用して、3Dデータの周囲にカメラのパスを設定し、ズームをズームします。時系列データはサポートされています。 "4Dデータ"。 ・共局在分析 ・共焦点顕微鏡を使用しているすべての細胞生物学者が常に共局在を探しているのを知っています！私たちの共同局在ツールを使用すると、マルチチャネル3Dデータセット内の信号強度の共局在を分析し、Zスタック投影画像で見られる偽の共局在の問題を回避し、その量と品質についての統計的分析を実行する統計分析を実行することができます。あなたのデータの共同局在CostesE et alの方法を使用して、ImageJ、例えば自動共局在しきい値のためのWCIFプラグインのものに同様のアルゴリズムを使用します。 ・2Dヒストグラム/スキャッタプロットおよび結果統計の輸出を伴う切除係数および統計的有意性解析

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