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次世代シーケンスデータを分析して視覚化することができます。 CLC Genomics Workbench次世代シーケンスデータの分析と視覚化のための新しいソリューション。 CLC Genomics Workbenchは、最先端の技術とアルゴリズムを組み込んでいますが、典型的なNGS Workflow.CLC Genomics Workbenchは非常に速く、任意のサイズのゲノムの組み立てを行うことができます - 唯一の制限は金額です。ソフトウェアを実行している機械のRAMの。 CLC Genomics Workbenchは、SNP検出、De Novoアセンブリ、および多数のダウンストリーム分析をサポートすることもできます。 "CLC Genomics Workbench"の主な機能はいくつかあります。・サンガー、454、Illumina Genome Analyzer、Helicos、Solid DataのDe Novoアセンブリ。・サンガー、454、Illumina Genome Analyzer、Helicos、Solid Sequencing Dataの参照アセンブリ。・混合データセットの参照アセンブリ（例えば、454およびIllumina Genome Analyzer）。・任意のサイズのゲノムの参照アセンブリ。・任意のシーケンス技術の対応エンド読み取り/仲間ペアの読み取りの標準読み取りデータの組み立て。・大規模な変異と並べ替えのための高度なグラフィカルツール。・単一の読み取り - カバレッジと競合。・ペアエンドの読み取り - グラフィカル概要。・ペアエンドの読み取り - 挿入と削除。・ペアエンドの読み取り - 重複と反転。・ファイル名によるマルチプレックスシーケンスのサポート。・サンプル固有タグによるマルチプレックスシーケンスのサポート。・Ankotationに基づく参照アセンブリのマスキング。エクソン・CLC Bioの高性能コンピューティングソリューションとの統合、アセンブリを非常に高速にします。・シーケンスの読み取り、品質データ、および参照シーケンスを含む、ゲノムアセンブリの対話型およびズーム可能な視聴。視聴者のダウンストリーム分析を含むフル統合・生データの品質報告と統計。・このウィザードは、並列タグ付きシーケンスデータを処理するために使用されます。タグ付きサンプルの使用は、次世代シーケンサーのシークエンシングスループットを劇的に増加させることができる。この混合データのサンプルの分析は、Genomics Workbenchによって行われます。・ Matthias Meyer、Udo Stenzel and Michael Hofreiter、「454プラットフォームの並列タグ付きシーケンス」、Nature Protocols 3、 - 267 - 278（2008）・このウィザードは、並列タグ付きシーケンスデータを処理するために使用されます。・読み取りのフィルタリングとトリミング。・高度なSNP検出。・SNPレポート。・CLC BioInformaticsデータベースとの統合のサポート。要件：・256 MBのRAMが必要です。・2 GB RAMをお勧めします。・1024 x 768ディスプレイ推奨。・3D閲覧にはOpenGL 3Dグラフィックスドライバ（ほぼすべてのグラフィックスカードに含まれています）が必要です。・最大10メガ・ベースまでのゲノムの組み立てと分析：2 GBのRAMが必要です。 4 GB RAMをお勧めします。・より大きなゲノムの組み立てと分析：2 GBのRAMが必要です。 8 GB RAMをお勧めします。・64ビットのコンピュータとオペレーティングシステムが2 GBを超えるRAMを推奨します。制限事項・30日間の試用期間。このリリースの新機能：・リファレンスアセンブリアルゴリズムを実行しているときの長い読み取りのためのグローバルアライメント・リファレンスアセンブリを実行しているときのギャップな色空間の位置合わせ・大規模データセットですべての操作の速度が大幅に向上 RNA-SEQ分析：・性能最適化：マウスゲノムに対する44のMIO読み取りの実行は、32GBのRAMを持つ8コアコンピュータで32分かかります。これは2時間以上であった。以前のバージョンでは、たくさんの小さな一時ファイルが作成され削除され、これは長い時間がかかり、コムターの一般的な即応性に影響を与えました。比較して、新しいバージョンで一時的なファイルのほんの一部のみが作成されます。・エクソン - エクソン接合にまたがる読み取りの最小要求EXON重複を指定するための新しいオプション。続きを読む... ・アセンブリプロセスの統計的概要を与える新しいRNA-SEQレポート。続きを読む... ・結果表は、エキソンエクソンおよびイントロンエクスコネクトスパンスパンの数を報告しています。・結果表は、遺伝子の染色体の位置を報告するようになりました。続きを読む... ・エクソンエクソン接合にまたがる読み取りの可視化。続きを読む... ・イントロンエキソンおよびエキソンエキソン境界に等しくマッピングを読み取ると、エクソンエクソンスパニング読み取りの一意に識別されます。・RPKMはユーザーマニュアルでよりよく定義されています。続きを読む... ・Mortazavi紙のように、マルチヒットのデフォルト設定は10件の紙のように10です。・非常に短い読み取りは組み立てられています。発現分析：・火山プロット：X軸にプロットする値を選択できます。「差分」と「倍数変化」を選択してください。続きを読む... ・バープロットの表ビューは、バープロットに表示されているのと同じ間隔を示しています。・表形式の表現配列データの一般的なインポーター。続きを読む... ・表現実験用の汎用インポーター表形式でのデータ。続きを読む... ・遺伝子オントロジー（GO）ファイルを使用して発現実験に注釈を付けることができます。続きを読む... ・タグプロファイリング：タグサンプルの注釈、実験のみを注釈にすることはできません。・実験表のサイドパネルは、概要を提供するように再編成されています。続きを読む... ハイスループットシーケンスデータをインポートします。・インポートツールはツールボックスからファイルメニューとツールバーに移動しました。続きを読む.. ・SAMアライメントフォーマットのインポートとエクスポート。続きを読む... ・ELANDアライメントフォーマットを含むタブ区切り形式でのアライメントデータのインポート。続きを読む... ・Illumina QSEQファイル形式のインポート。続きを読む... ・454のデータのリンカは、より多くの完璧な試合でも、より多くの完璧な試合についても見つかりません... コンテグの視覚化の強化：・ペアリング読み取りの内側の整列されていないヌクレオチドが示されている・ペアリングエンドの読み取りには、ギャップではなくペアを接続する1行があります。・ドラッグハンドルは、読み取りの基本を見ることができるときにのみ表示されます。つまり、100％以上にズームインし、コンパクト性レベル「コンパクトなもの」または「低」を選択する必要があることを意味します。それ以外の場合、ドラッグのハンドルは使用できません（これは、ビジュアルの概要をより単純にするために行われます）。続きを読む.... ・重なり合うペアを表示することができます・アセンブリからの未割り当て読み取り値は、ペアリング終了ステータスを保持しています（これは、2つのリストを取得できることを意味します。・SNP検出出力表は、同じコドンに複数の非通のSNPが存在する場合に報告されるようになりました・SNP検出ダイアログ：品質スコアが欠落している場合、品質フィルタリングは無効になりました。性能上の問題のために、品質スコアが存在するかどうかを確認することは不可能です。品質スコアが存在しない場合は、SNP検出は品質スコアフィルタリングを省略します。・SNP検出：1パーセント未満の周波数を有する変異体を検出することが可能です。・Contig Reportには、覆われた地域と参照全体の両方のカバレッジに関する情報が含まれています。続きを読む... ・ギャップを含むコンセンサスシーケンスを開くと、コンセンサスシーケンスが開始され、終了後にNSが表示されます。・トリム機能は、読み取りの両端から所定のヌクレオチド数をトリミングするオプションを含むようになりました。続きを読む... ・ゲートウェイクローニング。ゲートウェイエントリと表現クローンを作成するためのシンプルで使いやすいサポート。続きを読む... ・すべての保存されたプライマーの間で一致を検索してください。 Find Binding Sitesツールが大幅に改善されましたが、すべてのプライマー間で検索できるようになりました。さらに、バインディングサイトの表形式出力と可能性のあるフラグメントも表示されます。続きを読む... ・In Silico PCR：プライマー対およびテンプレート配列（プライマー拡張子を含む）に基づいてPCR産物を作成する。改善されたバインディング・サイトとツールの一部として、右クリックメニューを介してフラグメントのリストからPCR積を抽出できます。続きを読む... ・プライマーの特異性をチェックする。改良された検索部位および断片の作成ツールの一部として、潜在的な標的配列のリストのプライマー対で検索し、潜在的なPCR断片と同様に、結合部位およびミスマッチの概要表を参照してください。続きを読む... 展開：・ワークベンチが初めて起動したときに使用されるデフォルトのデータ場所へのパスを設定できます。これは、システム管理者がデフォルトあたりの新しいインストールがそれらのデータを保存するのを制御するのに役立つ機能です。続きを読む... ・インターネットにアクセスするツールの削除（NCBI Blast、Update Notificationsなど）のサポート。続きを読む... 一般的なインポートとエクスポート：・GFFファイルからの複雑な領域のインポートのサポート・エクスポートテーブルとレポートをExcel形式で。・ユーザーマニュアルのインポート・セクションの概要を提供するために再構築された概要を提供する詳細.... Expression Data Importersは、さらに詳細なセクションで説明されています。・FASTA形式で複数のシーケンスリストをエクスポートできるようになりました・ZIPファイルの強制インポートがサポートされるようになりました（ZIPファイルの内容を強制的にインポートされます）・標準インポートはZIPと同様にgzipとtarファイルを受け入れるようになりました・強制インポートが失敗した場合は、何が問題になったのかについてより技術的な情報があり、インポートファイルの不正なフォーマットを識別できるようになります。・GenBank社の輸入業者の両方が、遺伝子名を持たない遺伝子の命名命令でいくつかの試みをします。それは繰り返し次の修飾子を試してみてください： "product"、 "locus_tag"、 "transcript_id"と "transcript_id" ・記載されている長さが実際のシーケンスと一致しないGenbankファイルをインポートする場合は、警告が表示されますが、シーケンスは受け入れられます。・CSV形式でエクスポートするときは、ロケール設定を使用してコンマまたはセミコロンを区切り文字として使用する必要があるかどうかを判断します（米国のロケールに使用されるコンマ）・GFFプラグインは複雑な注釈を受け入れるように更新されましたその他：・注釈テーブルを使用した注釈の高度な再定型化。続きを読む... ・フルディスクがデータの保存を妨げる場合の状況の報告の改善・検索テーブルからドラッグアンドドロップを使用してシーケンスのダウンロードは、フォルダ内の「ダウンロード...」ノードを作成しなくなりました。プロセスタブでダウンロードプロセスを監視できます。・プライマー設計は5000 bpより長いPCRフラグメントをサポートするようになりました。・ファイルMANUからToolbox-> General Sequence Analysisに移動した列を抽出します。続きを読む... ・さまざまなダイアログに関する進捗状況の向上バグの修正：・RNA-Seq実験を施す際の遺伝子の順序に関する問題。入力シーケンスの順序がすべてのサンプルで同じではない場合、実験は間違っているでしょう。・ソリッドメイトペアデータの誤った方向を修正・タブの命名に関する問題を修正しました。修正方法は、WindowsとLinuxでは保存されていないデータがTAB名を太字と斜体にするのではなく*を取得するようになりました。（これは常にMac OS Xの動作でした）。・データをコピーしてからフォルダの更新時に「コピー...」ラベルを表示する問題を修正しました・15 BPより短い読み取りを組み立てるときの誤解を招くラベル。今、これらの読み取りは組み立てで無視されることを言う

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