Jaligner. 生物学的局所対シーケンスアラインメントのためのJavaに実装されたスミス - ウォーターマンアルゴリズム
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Jaligner. 説明

生物学的局所対シーケンスアラインメントのためのJavaで実装されたスミス - ウォーターマンアルゴリズム Jalignerは、アフィンギャップペナルティモデルを用いた生物学的局所対シーケンスアラインメントのためのGOTOHの改善を伴うスミス - ウォーターマンアルゴリズムのオープンソースのJava実装である。ここに「Jaligner」の主な機能があります。 ・メイン類似度スコアマトリックスと2つの補助ギャップ行列を用いて動的プログラミングを実行するためのスペースの複雑さは、o（m？n）からo（n）に縮小され、mとnは垂直シーケンスと水平シーケンスのサイズである。サイズM≦Nの元の二次元アレイの代わりに、サイズNの十分な単一次元アレイを使用することによってそれぞれ。 ・トレースバック方向を保持するためのサイズM≦Nの二次元配列（対角、左、上、停止）は、サイズmの単一次元配列にマッピングされている。 Java仮想マシン（JVM）は、M個の「オブジェクト」の配列を割り当てようとするのではなく、Java仮想マシン（JVM）がM個のm個の「バイト」（プリミティブデータ型）の単一次元配列を割り当てようと試みるため、メモリ割り当てのプロセスを高速化します。その各々はNバイトの「配列」です。 ・NCBIサイトからピックアップされている既に含まれている70のスコアマトリックスに加えて、Jalignerはユーザー定義のスコアリング行列でも機能します。 ・フレンドリーなグラフィカルユーザーインターフェイス（GUI）、単純なコマンドライン構文または再利用可能なプログラミングアプリケーションインタフェース（API）を介してJalignerを使いやすいです。

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