Jalview. Javaで書かれた無料の複数のアラインメントエディタ
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Jalview. 説明

Javaで書かれた無料の複数のアラインメントエディタ JALViewは、さまざまなWebページ（例えば、EBI Clustalw ServerおよびPFAMタンパク質ドメインデータベース）で広く使用されているオープンソースツールですが、汎用アライメントエディタとして入手可能です。 "JalView"の主な機能はいくつかあります。 ユーザーインターフェース： ・翻訳およびタンパク質Productsからのコドンおよびアミノ酸の結合強調 ・コドン位置への残留マッピングに関連する構造のリンク強調表示 ・シーケンスフェッチャーはアクセッション番号と「クリア」ボタンを提供します ・DesktopのToolsメニューの下のオプションとしてMemoryMonitorが追加されました ・空白区切りの数値データを説明行に解析するためのスコア関数の抽出 ・アライメントアノテーションの列ラベルを中心にすることができます。 ・シーケンス関連付け注釈のためのツールチップを与えるシーケンス名 WebサービスとURLフェッチ ・JPRED3 Webサービス ・プロトタイプシーケンス検索クライアント（まだ公開サービスなし） ・PFAMからのシードアライメントまたはフルアラインメントのどちらかを取得する ・データベース相互参照とシーケンスIDと一致するためのURLリンク ・URLリンクは正規表現を使用して作成できます シーケンスデータベース接続 ・他のデータベースからの相互参照シーケンスの検索 ・全てのフェッチ可能なデータベースへの一般化データベース参照の取得と検証 ・シーケンスコマンドをサポートするDASソースからのフェッチシーケンス ・スプレッドシートインポート用のCSVとしてエクスポートアノテーション行をインポートおよびエクスポートする ・JALViewプロジェクトのレコードアライメントデータセットアソシエーション、EMBL製品、およびcDNAシーケンスマッピング ・シーケンスグループの色は注釈ファイルで指定できます ・Colourschemeの名前としてRGB Tripletを使用したアノテーションファイル内のグループのアドホック着色 ・Vamsasクライアント機能（実験的） ・Vamsas Tree Exchange用のTreeNodeバインディング ・VAMSAS整列における順序のローカル編集と更新（実験的） ・新規作成を作成するか、既存のセッションを選択して参加します ・VAMSAS文書のロードと保存 アプリケーションコマンドライン： ・木を開くための木パラメータ（アプレットから渡すために導入された） ・Alignment機能を問い合わせるDASサーバーのニックネームを指定するためのFETCHFROMコマンドライン引数 ・Dasserverコマンドライン引数機能に自動的に照会される新しいサーバーを追加する ・Groovyコマンドライン引数は、すべての入力データがロードされ、解析された後に特定のGroovyスクリプトを実行します。 アプレットアプリケーションデータ交換： ・アプレットパラメータとして渡されるツリーはアプリケーションに渡すことができます（ "full application in full application"を使用する場合） アプレットパラメータ： ・機能グループ表示制御パラメータ ・デバッグパラメータ ・ショーボートンパラメータ アプレットAPIメソッド： ・ニュービューパブリックメソッド ・ウィンドウ（現在のビュー）特有のGet / Set Publicメソッド ・機能表示制御方法 ・現在選択されているシーケンスのリストを取得します 新しいJALView配布機能： ・InstallAnywhere Installer IA 2008 VP1にアップグレードされました ・リリースファイルは最新のJALViewリリースのビルドプロパティを提供します。 ・Java 1.1アプレットビルドが簡単でDonotobFuscateプロパティを制御するobfuscatorの実行を制御 ・ソース配信を生成するためのターゲットを構築する ・javaccのデバッグフラグ ・.jalview_propertiesファイルはjalview.bin.cacheで文書化されています（少し）。 ・アプリケーションの安定および開発版の継続的なビルド統合、 要件： ・Java.

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