Molegro Virtual Docker タンパク質 - リガンド相互作用を予測するための一体型プラットフォーム
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Molegro Virtual Docker 説明

タンパク質 - リガンド相互作用を予測するための一体型プラットフォーム Molegro Virtual Dockerは、タンパク質 - リガンド相互作用を予測するための一体型プラットフォームです。 Molegro Virtual Dockerは、標的タンパク質の潜在的な結合部位の決定に分子の調製からドッキングプロセスのあらゆる側面を処理し、リガンド..Molegro Virtual Dockerの結合モードの予測は、ユーザーに高品質のドッキングを提供するユーザーに提供されます。生産性と使いやすさに焦点を当てたユーザーインターフェース経験と組み合わされた新しい最適化技術。Molegro Virtual Docker（MVD）は、他の最先端のドッキング製品よりも高いドッキング精度をもたらすことが示されています（MVD：87％、グライド： 82％、Surflex：75％、Flexx：58％）。注：アプリケーションをダウンロードするには、無料のトライアルを要求してトライアルライセンスキーを保存する必要があります。 "Molegro Virtual Docker"の主な機能は次のとおりです。 分子の輸入と調製： ・分子を輸入して準備するのは簡単です。 ・分子構造ファイルは、関連する部品（リガンド、補因子、水分子およびタンパク質）に解析され、自動的に調製することができます。 ・警告と誤差の解析は便利な階層に表示されます。 ・内蔵キャビティ検出器は有望な結合位置を識別し、検索スペースを最も興味深い地域に制限することを可能にします。 ・プロトン化ウィザードを使用すると、潜在的なプロトン化ターゲット（例えば、ヒスチジン残渣）を迅速に特定し、コンテキストメニューを使用して迅速にプロトン化状態を変更できます。 ドッキング： ドッキングプロセスはドッキングウィザードを介して管理されます。ウィザードでは、次のことができます。 ・シミュレーションに含める構造を選択してください。 ・潜在的なバインディング領域を選択してください（MVDは自動的に潜在的なバインディングポケットを表示します）。 ・検索アルゴリズムのプロパティを設定し、クラスタリングとデータロギングを設定します。 ・追加の制約を管理する。 ・使用できない準備と欠けている構造情報（例えば、未知の残留）についての警告を検査します。 分析： ・ポーズオーガナイザーを使用すると、ドッキングエンジンから返されたポーズを閲覧できます。ドッキングランから動的にポーズを装填することができ、何千ものリガンドを閲覧することが可能になります。 ・さまざまなエネルギー諸項や相互作用を検査することができ、より高度な回復と拘束力のある親和性測定値を計算することも可能です。水素結合と静電的相互作用は、ポーズ間を切り替えるときに動的に更新される。 シーケンスと構造の可視化： ・シーケンスビューアを使用すると、タンパク質の残留物を迅速に識別して選択することができます。 ・漫画の視覚化は、二次構造の異なる領域を強調しています。 制約： ・さまざまな制約により、エネルギー景観（例えば、検索スペースの特定の地域に報いることによって）または特定の相互作用が発生したり防止したりすることが可能になります。 ・化学的性質（例えば、水素結合受容体または環原子）に基づいて制約を定義することができ、または各リガンドについて個々の原子を特定することができる。 データアナライザ： ・MVDのデータアナライザは、回帰モデル（ニューラルネットワークまたは複数の線形回帰）を作成し、統計的な測定値を抽出し、データを視覚化することができます。 ・MVDドッキングランからドッキングされた化合物の数値特性を予測する。ユーザー作成モデルは、POSEオーガナイザーに直接適用できます。 ・インポートされた数値記述子を使用して回帰モデルを作成します（例えば、サードパーティソフトウェアから）。 ・関連記述子を見つけるための特徴選択。 ・ディスクリプタを操作したり派生記述子を作成するための代数データ変換プラグイン。 ・1Dプロット（ヒストグラム）、2Dプロット（X-Yプロット）、および3Dプロット。 ・さまざまな統計的対策。 サイドチェーンの柔軟性： ・MVDでは、（PLP電位の許容範囲を高めることによって、または選択されたサイドチェーンの相互作用を弱めることによって）、多様なポーズをドッキングし、最後にサイドチェーン構成をドッキングすることによって、サイドチェーンの柔軟性が実施されます。手動で受容体構造を最小限に抑えることも可能である。 ・ドッキングシミュレーションが完了した後、発見されたポーズは、ポーズオーガナイザー内の直接それらのマッチング受容体立体配座と同時に検査することができます。 テンプレートドッキング： MVDはドッキングテンプレートに対してリガンドをドックすることを可能にする。薬局動物と同様に、テンプレートは関連する化学的性質（電荷と水素結合能力）から構築され、1つまたは複数のリガンドの立体配座から自己発生させることができます。テンプレートはいくつかの方法で使用できます。 ・多数のリガンドを柔軟に整列させる（そしてそれらの類似性のスコアを決定する）。 ・テンプレート類似度スコアを受容体ベースのドッキングスコアリング関数と組み合わせることで、ドッキングシミュレーションを集束または案内する。 ・各テンプレートポイントから微細に微細な類似度スコアを抽出し、データアナライザ（3D QSAR）を使用して回帰モデルを作成する。 その他の機能： ・Mac（PowerPCとIntel）、Linux（32ビット、64ビット）、およびWindowsマシンで動作します。 ・エディタ内蔵の拡張可能およびカスタマイズ可能なマクロシステム。 ・カスタマイズ可能な分子表面とバックボーン表現。 ・対称変換情報を含むPDBファイル用の生体分子発生器。 ・さまざまな分子特性のための高度なテキストラベリング。 ・オンラインヘルプと自動更新の自動チェック。 ・MVDは、独自のスクリプト言語または外部スクリプト言語（Pythonラッパーが含まれています）を使用してスクリプト化できます。 ・ポーズを手動で変更するためのポーズ修飾子。 制限事項 ・30日間の試用期間。このリリースの新機能： ・グリッドおよび非グリッド版の両方で入手可能なプラントスコアリング機能の実装。 ・Antコロニー最適化アルゴリズムに基づくオプションの適応サンプリング戦略を用いて、新しいドッキング検索アルゴリズムを繰り返した。 ・Molegro Virtual Grid。ドッキングランを配布するための新しいインフラストラクチャ。 ・新しい内蔵Raytracerは、出版品質のグラフィックを作成することを可能にします。 ・マイナーなユーザーインターフェースの改善とバグ修正（詳細については、リリースノートを参照）。

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