 | jpredictor.シス調節要素の予測のための無料および多用途のツール |
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jpredictor. ランキングとまとめ
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- ライセンス:
- Freeware
- 価格:
- FREE
- 出版社名:
- Thomas Fiedler
- 出版社のWebサイト:
- http://thomasfiedler.wordpress.com/
- オペレーティングシステム:
- Mac OS X
- ファイルサイズ:
- 297 KB
jpredictor. タグ
jpredictor. 説明
シス調整要素の予測のための無料および用途のあるツール JPRedictorは、モチーフを定義するために使用され、それらをシーケンスで検索し、加重モチーフを使用したトレーニングセットおよびスコアリングシーケンスを使用してモチーフを検索する。ショート配列フラグメント、すなわち転写因子結合部位は、そのような元素において濃縮されクラスタ化されることが知られている。これらの結合部位はモチーフとして表され、予測のためにそれらは知られなければならない。これらのモチーフを使用すると、それらをシーケンスに検索するため、そしてシーケンスをスコアするために、正またはネガティブトレーニングセット（それぞれモデルまたはバックグラウンド）を適用することによってそれらを重量化することが可能である。遺伝子発現レベルの時間的差異遺伝子調節における重要な選手としてのシス調節要素の知識は、後者の理解と生物の発達のために不可欠である。予測は個々のモチーフのクラスタとこれらの任意の組み合わせが、選択可能な最小距離と最大距離を持つマルチモチーフへのマルチモチーフへの任意の組み合わせに基づいています。個々のモチーフは、簡単な配列モチーフまたは位置固有のスコアリングマトリックスなどの不均一クラスのものであり得る。クラスタスコアはマルチモチーフの重みが発生し、重みは正および負のトレーニングセットから導出されます。要件： ・Java 1.5以降 このリリースの新機能： ・オプションファイルを介して定義されたマルチモティフに新しいパラメータ「SearchDirection」を追加しました ・フラットトリプル、高次モチーフでエラーを修正しました。この誤差はめったに発生しませんでしたが、規制はめったにありませんでした、そして（Pho-DSP1）などのダブルモチーフや非平らなコンポジットモチーフのためには発生しませんでした（Pho-DSP1） - （Pho-DSP1）
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