pknotsrg. RNA折り畳みと熱力学的マッチング
今すぐダウンロード

pknotsrg. ランキングとまとめ

pknotsrg. タグ

折り畳み rna RNA計算 RNAフォルダ シュードノットフォルダ 仮結び

pknotsrg. 説明

RNA折り畳みと熱力学的マッチング PKNOTSRGは、単純な再帰的な擬似コックノートのクラスを含むRNA二次構造を折り畳むための無料で使いやすいコマンドラインベースのツールです。疑似コックノートを含まない構造のエネルギーパラメータは、実際のMFold 3.1と同じです。 Pseudoknotsのエネルギーは、PKNOTSのRivaseddyによって使用されるものと同様のモデルで計算されます。折りたたみ温度は37Cに固定されています。電流は3つあります。少なくとも1つの疑似関数を含むSの最良の構造。・PKNOTSRG-LOC：PKNOTSRG-LOC：Sのいずれかの構造の要素である可能性のある最良の疑似コックノットを提供します。ここで、「最良」はヌクレオチド当たりの自由エネルギーによって定義されます。 Sの残りの部分は展開されていません。このリリースの新機能： ・ガベージコレクタライブラリの必要はありません ・インタラクティブモード ・FASTAファイル入力のサポート ・新規オプション-W：スライディングウィンドウ ・新しいオプション-s：構造の出力幅

pknotsrg. 関連ソフトウェア