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配列セットに最も適したタンパク質進化モデルを選択するためのプログラム
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prot prot ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • Freeware
  • 価格:
  • FREE
  • 出版社名:
  • PROTTEST Team
  • 出版社のWebサイト:
  • http://darwin.uvigo.es
  • オペレーティングシステム:
  • Mac OS X
  • ファイルサイズ:
  • 4.1 MB

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prot prot 説明

シーケンスセットに最も適したタンパク質進化モデルを選択するためのプログラム Prottestは、所与のシーケンスセット（アラインメント）のセットに最も適したタンパク質進化のモデルを選択するための自由でオープンソースプログラムであり、Phymlプログラム（最大尤度計算とパラメータの最適化のために）はPELライブラリを使用しています。 良い。 モデルが含まれているモデルは、アミノ酸置換の相対的なレートを示す経験的な置換行列（WAG、LG、MTREV、DayHoff、DCMUT、JTT、VT、BLosum62、CPREV、RTREV、MTMAM、MTART、HIVB、およびHIVW）です。 進化的制約を説明するためには、タンパク質構造と機能の保存によって不可能である。 Prottestは、Akaike Information Criterion（AIC）やその他の統計（AICCとBIC）を使用して、どの候補モデルのどちらがデータに最も適しているかを見つけます。 要件： ・Java.


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