rsmatch

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rsmatch ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • Freeware
  • 出版社名:
  • Bin Tian
  • 出版社のWebサイト:
  • http://exon.umdnj.edu/
  • オペレーティングシステム:
  • Mac OS X
  • ファイルサイズ:
  • 850 KB

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rsmatch 説明

RNA二次構造の整列とRNAモチーフの発見 RSMatchは、RNA構造を比較するための軽量アプローチを提供するように設計された無料で使いやすいパッケージであり、それによって機能的構造要素を発見します。 RNA構造比較のための他のツールと比較して、RSMatchは速く、2つの構造のサイズによって決定される二次時間が必要です。 RSMatchは2つのスコアリングスキーム、すなわち、独立した位置依存スキームを使用します。位置独立方式は、一方のスコアリング行列、一方のスコアリングマトリックスを必要とし、もう一方は二本鎖領域用です。このスコアリングスキームは、ペアワイズ比較とデータベース検索で使用されます。プロファイルとしても知られている位置依存方式は、個々の構造位置をスコアし、複数の構造アライメントと反復データベース検索関数によって使用されます。 RSMatchは、後者がほとんどの場合より有用であっても、グローバルとローカルの両方のアラインメントオプションを提供します。さらに、RSMatchは入力項目としてパターンベースの構造を取り込むことができます。ここでは、SOEMの例があります。要件： ・Java.


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