| | varscan.超並列シーケンスデータにおける変種検出 |
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varscan. ランキングとまとめ
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- ライセンス:
- Freeware
- 価格:
- FREE
- 出版社名:
- Daniel C Koboldt
- 出版社のWebサイト:
- http://www.massgenomics.org/about
- オペレーティングシステム:
- Mac OS X
- ファイルサイズ:
- 59 KB
varscan. タグ
varscan. 説明
超並列配列決定データにおける変種検出 varscanは、SNPを識別するための無料でオープンなソース、プラットフォームに依存しない、テクノロジ独立型ソフトウェアツールで、個々のサンプルとプールされたサンプルの大型パラレルシーケンスを識別します。 単一のサンプルのデータが与えられると、VARSCANは、読み出しカウント、基本品質、およびALELE FRONYCODHに基づいて生殖系列の変形を識別してフィルタリングします。 腫瘍 - 正常対のデータを考えると、VARSCANはまた、サンプル間の読み取り数を比較することによって各変異体（生殖細胞系、体細胞、またはLOH）の体細胞状態を決定する。 これが "varscan"のいくつかの重要な機能です： ・SNPとSamtools Pileupファイルから呼び出します ・カバレッジ、読み取り深さ、バリアント周波数、および基本品質で変形をフィルタリングする ・腫瘍標準ペアの体細胞状態（体細胞、生殖細胞系、LOH）を決定する ・比較、マージ、交差するバリアントの2つのリスト ・ターゲット位置またはターゲット領域のセットへのバリアント呼び出し制限 ・非営利目的の使用のために無料です。 要件： ・Java.
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