獣 クロスプラットフォームアプリ
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分子配列のベイジアンMCMC分析のためのクロスプラットフォームアプリ BEAST（ベイジアン進化分析サンプリングツリー）は、分子配列からの進化的推論のための自由でオープンな供給源の適用です.BEASTは分子配列のベイジアンMCMC分析のためのクロスプラットフォームアプリです。 BEASTは、厳格または緩和された分子クロックを使用して推定される根豊かな時間測定系統に対して完全に配向しています。 BeastはMCMCを使用してツリースペースを平均して使用しているので、各ツリーはその後方確率に比例して重み付けされています。これが "Beast"のいくつかの重要な機能です： ・一定率分子クロックモデル ・これはデフォルトのモデルです。ツリーは突然変異率を指定することによって校正できます。 ・可変レート（リラックス）分子クロックモデル。 ・ドラムモンド、HO、Phillips and Rambaut（2006、Plos Biology）の無相関化されたリラックス時計モデルを実装しています。 ・発散日の見積もり ・特定の最新の一般的な先祖（MRCA）の発散日は推定できます。 ・非同時配列（！TipDate）分子クロックモデル。 ・シーケンスに関連する日付の違いがツリー全体の年齢のかなりの割合を含む場合、これらの日付は、置換率に関する情報の源を提供するモデルに組み込むことができます。 ・部位間の代替モデル不均一性。 ・異なるサイトセットには異なる置換モデルを指定できます。例えば、各コドン位置は、異なる置換マトリックスおよびガンマモデルのレート不均一性を許容することができる。 ・フレキシブルモデル仕様 ・モデル指定ファイル形式ではかなりの柔軟性が可能です。例えば、各コドン位置には異なる速度の不均一性が異なるが、同じ遷移/変換比が同じであることを指定することが可能である。 ・代替モデルの範囲 ・Beast（ベイジアン進化分析サンプリングツリー）は、分子配列からの進化的推論のための自由でオープンな供給源です。 ・パラメータに対する柔軟な選択肢。 ・以前にパラメータを指定できます。例えば、木の根の年齢は、与えられた平均を有する前に指数関数を与えることができる。 ・人口の大きさと成長の合流モデル。 ・コアリセント人口増加のさまざまなモデルを使用することができます。現在、一定のサイズと指数関数的成長が利用可能ですが、もうすぐ追加されます。これらのモデルは基本的には木のノードの年齢の授賞者として機能しますが、パラメータ（人口の大きさと成長率）をサンプリングし推定できます。 ・マルチローザスの合体モデル ・2つの解除されていない遺伝子は、同じコリテッペの集団モデルであるが異なる置換プロセスと木を与えられ、多座的な合体推性の産生を可能にします。 ・ローカルクロック分子クロックモデル ・ツリー内のさまざまな包括的なレート（または実際にはまったく異なる置換プロセス）を持つことができます。 このリリースの新機能： 新機能： ・BEASTのGUISバージョンは、コマンドラインでのみ利用可能なさまざまなオプションを設定するためのダイアログボックスを表示します。 バグの修正： ・問題55：MCMC画面ログは現在機能していません。 ・問題70：コドンポジションへの美しさと仕切り ・発行72：BeautiはハードリミットGTRモデルパラメータ ・問題122：Beauti - >例外 ・発行127：Beauti Preforment Paner、Previous Previous and Lowerは表示されません ・無限大 ・発行128：Beauti：木以前のロジスティックの成長は利用できません ・校正 ・発行146：Beauti：2進共風モデル ・問題169：Beautiのファイル名の茎を編集すると挿入が発生します ・終わりまでジャンプするポイント ・問題173：Beauti：部分的なリンク例外 ・問題181：Beauti：追加時のデフォルトの動作への強化が必要 ・すべてのリンク後の追加のアラインメント ・発行193：コンバージェンス診断の改善： ・サンプルを連結することで合流しています ・発行194：Beauti：価値変更時の事前設定例外 ・発行199：倍数のときの最初のログファイルエントリのみを表示する ・エントリは同じ名前です ・発行201：MCMCパネルのファイル名STEMの編集により挿入ポイント ・終了にジャンプする ・発行202：JDK 1.6クラスを作成するビルドスクリプトで配布に失敗する ・JDK 1.5を搭載したマシンで ・発行203：LauneTidelIdelideLihhoreCore.dllのリンクに影響を与えるBug ・発行204：Beauti：ツリー以前の定数サイズがノードキャリブレーションのために機能しない ・発行205：Windowsを使用してコンソールにTittle情報が消えた ・獣を走る恐れて ・発行209：病原体線量はコンパイルされていません ・問題211：Beauti：アミノ酸サイトモデルXMLが間違っている ・問題212：Beast Linuxバージョン：Chmod 755 * ・問題215：Macパッケージング用のデフォルトのメモリ割り当てが小さすぎます ・発行216：Linuxパッケージングのデフォルトメモリ割り当てが小さすぎます ・問題217：Mac OS X包装に関する問題 ・発行218：ビーストメインオプションダイアログエラー「違法エントリー値」 ・121474863647 "の間でなければなりません ・問題220：コマンドラインで獣を起動するシェルスクリプトは対処できません ・パス内のスペースがあります。 ・発行221：Beautiの代替モデル演算子を再湿潤 ・問題222：1分割のみ ・発行223：「演算子分析」ファイル名を属性として設定します。 ・MCMC要素 ・発行225：Tree PartitionCoureStrepentisが存在しません ・問題226：release_parsers.propertiesのパーサーを更新する必要があります ・問題227：Beastユーザー用のタグドキュメントを生成するためのBeastDocを修正する ・発行229：テストフレームワークの別の失敗 ・発行231：遅延性能測定の開始まで ・完全評価 ・問題232：Mac（Windows？）Beastのバージョンがエラー時にコンソールを閉じる ・問題234：恐ろしい「初期後方はゼロ」エラーAビット ・デバッグするには ・発行236：Dr.EvomoDel.Operators.traitGibbsOperatorが複製されています ・release_parser.propertiesまたはbeastparser.javaのどちらかのパーサー ・問題237：Beauti：タキソンセットマルチツリーパーティションを処理しない ・発行238：1分割のみの「パターン」の命名 ・発行240：Beauti：TreelikerikiriesのuseamBiguitiesはデフォルトであるべきです ・Binay Covarionに当てはまる ・問題242：Beauti：UseamBiguitiesを選択するためのチェックボックスを作成する ・バイナリデータのためのTreeLiexirikiries ・問題244：緊急：デフォルト以前のレビュー ・発行247：Beauti：頻繁に経験的なバイナリを選択する頻度が間違っている ・共風モデル ・発行248：同じ分類タプセナを連携させるときのBeauti例外（*獣） ・合計で異なる分類群による木モデル ・発行250：Beauti：選択時のマルチ遺伝子の間違ったアライメントブロック ・「空の配置を作成する」 ・発行253：Beautiポップアップボックスを追加すると、デフォルトのプライオールを確認します。 ・Beastファイルの生成をクリックします ・問題254：Beauti Generate XMLボタンはすべてのデータの後に無効にする必要があります。 ・パーティションが削除されました ・発行255：リリースされたバージョンのデフォルトでパーサー警告をオフにする ・問題256：Beauti：XMLでコメントを追加する "Skyride.LogPopsizeはログ単位です ・他のポンプサイズとは異なり」 ・発行257：Beauti：バイナリデータと複数のパーティションが生成されません ・Sitemodelが正しく ・問題259：Beauti：Mac OS MCMCパネル問題 ・問題260：Beauti：正しい英語 ・発行261：ID NULLを使用したエラー解析要素 ・問題262：TestCataclysmcoalescent.xmlの間違ったXML ・問題264：ImportExcepion：Number Formatエラー

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