 | コラピー生化学的ネットワーク分析とシミュレーションが簡単になりました。 |
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コラピー 説明
Copasiは、生化学的ネットワークとそのダイナミクスを分析するのに役立つように設計された信頼できるツールです。ネットワークを設定し、タスクを追加してレポートを生成することができます簡単なGUIが機能します。 このツールはSBML規格のモデルをサポートするスタンドアロンプログラムとして、ODESまたはGilleSpieの確率シミュレーションアルゴリズムを使用して行動をシミュレートすることができます。任意の離散イベントをそのようなシミュレーションに含めることができます。 COPASIは、ネットワークのいくつかの分析とそのダイナミクスを実行し、パラメータ推定と最適化のための広範なサポートを持っています。 COPASIは、カスタマイズ可能なプロット、ヒストグラム、ネットワーク図のアニメーションでデータを視覚化するための手段を提供します。 主な特徴： モデル： 化学反応ネットワーク 任意の速度論的機能 コンパートメント、種、および地球規模のOON。 コンパートメント、種類、および地球規模の割り当て コンパートメント、種、および地球規模の初期割り当て SBMLインポート（L1V1 + 2、L2V1-4）とエクスポート（L1V2、L2V1-4）。 分析： 確率と確定的な時間経過シミュレーション 定常状態分析（安定性を含む） メタボリック対照分析/感度分析 基本モード解析 大量保全分析 タイムスケール分離分析 リヤプノフ指数の計算 パラメータスキャン 任意の目的関数の最適化 データを同時に時間経過および/または定常状態実験からのデータを用いたパラメータ推定。 グラフィカルユーザインタフェース（COPASIUI） 対話型パラメータの変更のスライダ。 色分けされたテーブル 3Dバーチャート プロットとヒストグラム 結果のネットワーク図の視覚化 バッチ処理のためのコマンドライン（COPASISE） MS Windows、Linux、Mac OS X、およびSolaris SPARCのバージョン。 レガシーのGEPASIファイルのロード Berkeley Madonna、Xppaut、およびモデルから生成されたODEシステムのCソースコードを輸出します。 MathMLまたはLateXの数式とOODの保存
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