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コリア 説明
Concospectは、Contig Spectraに関する研究の制御も知られています。 次いで、Contigスペクトルは、ダイバーシティ推定値(例えばPHACCを用いて)得るために下流でモデル化することができる。 異なる種類のContigスペクトルを作成することができ、α多様性、ガンマ多様性のための混合コンテグスペクトル、およびβ多様性のためのクロスコンタグスペクトルの標準的なコンティグスペクトル。 クロスコンタグスペクトルを構築するには、複数の選択されたメタゲノーム(FASTAファイル)に基づいて通常のContigスペクトルを構築する必要がある混合コンテンツスペクトルを構築する必要があります。 CircOnpectは一時データを格納するために索引付きシーケンスデータベースを使用します。最小オーバーラップ長と類似性をサポートするアセンブリプログラムは、適応しています。このとき、Minimo、Tigrアセンブラ、Ligr Assembler、CAP3、およびニューブラーがサポートされています。 複数の繰り返しが完了したら(ブートストラップ)、平均コンテグスペクトルは 計算しました。ユーザは、それらを所与の長さにトリミングし、しきい値よりも小さいシーケンスを削除することによってシーケンスのサイズを制御することができる。
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