シムコール このツールの助けを借りて分子の遺伝的多様性をシミュレートします。
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シムコール 説明

シムコールは便利で使いやすいアプリケーションで、完全に連結された遺伝子座を調べた恣意的な数の一倍体集団で分子遺伝的多様性をシミュレートするのを助けるために特別に設計されています。 これは、最初はキングマン（1982B; 1982a）によって記述され、一連の他の論文（EWENS 1990; Lonnelly and Tavare 1995; Donnelly and Tavare 1990; Donnelly and Tavare 1990; Donnelly and Tavare 1990; Donnelly and Tavare 1990; Donnelly and Tavare 1990; Donnelly and Tavare 1990; Donnelly and Tavare 1990）には明らかに露出しています。 コアリセント後方アプローチは、従来のフォワードシミュレーションのように集団全体の遺伝的歴史をシミュレートしていませんが、むしろ集団中の異なるDEMESから描かれた遺伝子のサンプルの遺伝子系譜（コエリセント歴）を再構築します。 中性遺伝子の場合、このコリテーションプロセスは本質的に集団の歴史と人口の人口統計に依存し、そして突然変異プロセスとは無関係です。このプログラムは、サンプル中のすべての遺伝子の最新の一般的な祖先（MRCA）から始めて突然変異をシミュレートし、均一かつ定常ポアソンプロセスを想定して系譜のすべての枝に独立してそれらを加える。 この二段階（合流突然変異）アプローチを用いて、DNA配列、RFLP、またはマイクロサテライトデータの一倍体サンプルの多くの複製を非常に迅速にシミュレートすることができる。多数のシミュレートされたサンプルの分析は、分析的導出が可能な統計を含む、遺伝的データから導き出すことができるすべての任意の統計の経験的分布を得ることを可能にする（Hudson 1993）。 プログラムの典型的な用途は、ボトルネック、混合物の複雑な症例、またはメタポプレ化システムの場合のように、集団内および集団間および集団の間および間の遺伝的多様性のパターンに対する複雑な人口の効果の研究を含む。 この出願は遺伝子またはハプロタイプの一倍体サンプルを生成するが、二倍体データはハーリーンベルグ平衡の仮説の下で生成され、ハプロイプのランダム対のハプロタイプを形成して二倍体遺伝子型を形成することができる。

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