スヌープ ゲノムハイブリダイゼーションデータビューア。
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スヌープ 説明

Snoopcghは、比較ゲノムハイブリダイゼーション（CGH）データを視覚化して探索するのを助けるように設計されたJavaデスクトッププログラムです。 ソフトウェアは、ユーザーが複数のデータを同時に対話的に分析することを可能にします。入力は、1つ以上の比較またはサンプルに対応する一連の対数強度値を含む、タブ、スペースまたはコンマ区切り形式に基づいています。 Snoopcghは、マウスと対話的に検討できる無制限のズーム（両方の軸）を含むCGHプロットを提供します。積み重ねられて組み合わせることができる複数の層の使用は、データの視覚化を容易にします。 CGH比をフィルタリングするか、関心領域で統計分析を行うために、いくつかの層をプロットに適用することが可能である。分析方法が実施されており、推定構造変動（SVS）の迅速な視覚化および解剖を可能にする。 特に、データは、ハールウェーブレットに基づくアルゴリズムを使用して平滑化され、電位SVの島はSWアレイを使用して推定される。抵抗性を高めるために推定前に外れ値を取り除き、順方向を使用して推定SVの統計的有意性と堅牢性の推定値を除去します。推定SVSのこの定量化は、関心領域をランク付けする能力をもたらす。他のSV検出アルゴリズムは将来統合され得る。 Snoopcghの強力な機能は、遺伝子名とゲノム機能に関する情報を含む、ゲノムブラウザからのダウンロード可能な注釈ファイルとインターフェースする機能です。ユーザは、プロットの麓における注釈の視覚的表現を有し、それらをクリックするか、またはテキスト検索によって詳細なテキスト情報に簡単にアクセスすることができる。主なゲノムブラウザへの直接リンクが組み込まれています。

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