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ツリーファインダー 説明

木弾導入物は分子配列から系統発生樹を計算する。プログラムは、さまざまなシーケンス進化の様々なモデルの下で、大きな木々さえも推測します。それはヌクレオチドとアミノ酸データの両方を受け入れ、そして不均一性を考慮に入れる。 ユーザ定義データ区画、個別のレート、個別のエッジ長、個別の文字構成を想定することができます。すべてのパラメータをデータから推定できます。ツリー検索は、ユーザー提供のトポロジの制約と開始ツリーによって導くことができます。 配列進化の適切なモデルを提案するためのモデル提案者がいます。推定木の信頼は、パラメトリックおよび非パラメトリックブートストラップ、さまざまなペアサイトテスト（ELW、BP、KH、SH、WSH、AU）によって、情報基準、LR-ELWによるエッジサポートと組み合わせて評価できます。 木やシーケンスデータを操作するためのツールがあり、基本周波数を視覚化し、コンセンサスと距離ツリーの数、カウントトポロジを視覚化します。すべての数値結果について信頼性制限やその他の統計が得られます。このプログラムは、レートスムージングによる発散時間を推定できます。 グラフィカルユーザインタフェースは、ツリーファインダーの使用を非常に直感的にします。データファイルと再構成パラメータを対話的に選択することができ、結果は画面に表示されます。 TreeFinderは、幅広い機能性を提供し、研究者が問題の特定のアプリケーションを作成できるようにする機能とシステムの独立したプログラミング言語TLでプログラム可能です。ソフトウェアの一部はTLで書かれており、ユーザーによって変更できます。 TreeFinderの言語 TLは、生物学的データを処理するための多数の特殊なツールを備えた汎用プログラミング言語です。それはTreeFinderプログラムのプログラミングインターフェースとして機能します。このマニュアルはTLの概要を示しています。 他のプログラミング言語とは異なるものがさまざまなプログラミングスタイルをサポートすることです。いつでも、プログラマーは特定の状況で最も強力なプログラミングスタイルを選択できます。

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