 | ナビゲータータンパク質 - タンパク質インタラクションネットワーク視覚化ソフトウェア |
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ナビゲーター 説明
ナビゲーターは、タンパク質 - タンパク質インタラクションネットワークを視覚化し分析するのに役立つように特別に設計されている便利なアプリケーションです。 Navigatorは、Ophid / I2D - インタラクションデータのオンラインデータベースと2Dまたは3Dでネットワークを表示することができます。スケーラビリティとパフォーマンスを向上させるために、NavigatorはJavaをOpenGLと組み合わせて、複数のハードウェアプラットフォーム上に2D / 3D視覚化システムを提供します。 このツールはまた分析機能を提供し、GOやProteoMics Standards Initiative（PSI）などの標準インポートおよびエクスポートフォーマットをサポートしています。 主な特徴： ナビゲータはOpenGLで実装された視覚化システムと、Javaで実装された分析アルゴリズムとを組み合わせた。 ネットワークはファイル（タブ区切り、ナビゲータXML、BIOPAXまたはPSIフォーマット）からロードできます。または、ophid / i2d（interogous Interaction Database - 既知のオンラインデータベース）にビジュアルクエリを実行することで動的に生成できます。 HTP、およびヒト、ラット、マウス、フライ、ウォーム、酵母のためのタンパク質 - タンパク質相互作用が予測される。 ナビゲータワークスペースは、ノードやエッジをカット、コピー、貼り付けることによって操作できる複数のネットワークパネルをサポートします。 ネットワークは、タブ区切り、ナビゲータXML、PSI、またはPAJEKフォーマット、および複数のグラフィックフォーマット（BMP、JPG、TIFF、SVG、PDF）にエクスポートできます。 ネットワークは2Dと3Dで表示できます。 ノードは、自動力指向レイアウトと手動配置の混合物を使用して配置できます。使用される自動レイアウトアルゴリズムの1つは、GRIP（Intelligent Placement with Graph Drawing）にある8番目のシンポジウムです。グリップのほぼリニアの時間の複雑さのために、ナビゲータはI2Dからの完全な相互作用を視覚化することができます。 高度に相互接続されているサブネットワーク、およびハブであるノード（すなわち、他の多くのノードと対話する）は、分析を支援するために自動的に識別されます。 ノードのグループは、手動で、または自動化された方法で、複合ノードに折りたたまれています。 ネットワークのサブセットは、連合、交差点、違いなどの標準セット操作を使用してブックマークおよび操作することができます。 ノードとエッジの不透明度を調整して、ネットワーク内の要素のコントラストを変更し、選択した要素を強調します。
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