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ハオビュー 説明
ハプロタイプ分析は、類似性を共有するDNAセグメントを同定するために、分子遺伝学的試験のために設計されています。このような分析に関連するタスクを改善するためにHaploViewが作成されました。 アプリケーションはJavaベースです。これは、ITクロスプラットフォームになり、インストールプロセスを実行する必要はありません。フォーマット：標準リンケージ、HAPMAPプロジェクト、フェーズまたはビンディングからのデータダンプ。 "-batch"コマンドラインを適用して複数のファイルをロードするサポートもあります。 アプリケーションにロードされた選択されたファイル形式に関係なく、同じパラメータをカスタマイズできます。これらはマーカーのペアワイズ比較を参照しています。これは、ユーザー指定の値を上回ることができます（デフォルトは500KBに設定されています）。 第二のパラメータは、個人に欠けている遺伝子型の量を指す。ユーザー設定値によっては、これらの個人を分析から除外することができます。 サポートされているファイル形式のいくつかについては、追加の構成設定があります。標準のリンケージユーザーの場合、関連付けテスト、ファミリのTRIOデータ、またはテストファイルをロードアップする可能性があります。 そのようなファイルをロードした後、LDプロット、ハプロタイプ、チェックマーカーまたはタグガーを含む様々なディスプレイがあります（PairMarkerアプローチの潜在的な効率を使用してペアワイズ方法を組み合わせる）。 フェーズフォーマットでは、インターネット接続がある場合は、HAPMAP情報トラックをダウンロードできます。 機能性プログラムは、LDおよびハプロタイプの分析を実行するために使用できます。また、人口のハプロタイプ頻度を推定します。関数のリストは、関連性の重要性を明らかにすることができる置換テストもサポートします。 Kneaploviewは、Haplotype分析のプロセスに関するいくつかのタスクをサポートする科学的アプリケーションを備えたプログラムです。それは主題に精通している学生によって使用されることができ、それはまた機能性と使いやすさの観点からも柔軟です。 Intocut Ilascuによってレビューされ、最終更新日2014年3月7日
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