 | ハプミックスマップHAPMIXMAPは、遺伝的協会研究で拡張ハプロタイプをモデル化するためのプログラムです。 |
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ハプミックスマップ 説明
HAPMIXMAPを使用して、タグSNPがケースとコントロールに入力された候補遺伝子をすべて簡単にテストできます。 HAPMIXMAPは、遺伝的協会研究で拡張ハプロタイプをモデル化するためのプログラムです。主にタグSNP Genotypeデータを使用してHAPMAPハプロタイプをモデル化することを目的としています。 HAPMIXMAPは、Scheet and Stephens（2006）によって開発されたFastFaseプログラムと同様に、遺伝的協会調査で拡張ハプロタイプをモデル化するためのプログラムです。プログラムは、無関係な個人に関する遺伝子型データを非公開にし、Kモードハプロタイプ状態に対応するK個の独立したポアソン到着プロセスによって連鎖不均衡が生成されるモデルに適合します。 これは、典型的には24の共通のハプロタイプが任意のハプロタイプブロックにおける全競合性の多様性を占める観察に対応し、そしてRarer Haplotypesは典型的にはこれらのモーダルハプロタイプのわずかな変異体である。祖先の組換えホットスポットに対応するゲノム中のハプロタイプのブロック様構造は、到着速度をゲノム全体で変化させることを可能にすることによってモデル化される。 このモデルは、ADMIXMAPで使用されているものと似ています。母集団間の混和剤をモデル化し、HapMixMapのほとんどのコードはAdmixMapから派生しています。 観察された非発し遺伝子型データを考えると、プログラムは各染色体を横切るハプロタイプの後部分布を生成する。結果変数との関連付けのスコアテストは、この後部分布を平均することによって構築されます。 バイナリ成果変数の場合（ケースコントロールスタディのように）プログラムはロジスティック回帰モデルに収まります。定量的な特性のために、プログラムは線形回帰モデルに適合し、生存時間データのためにプログラムはCOx回帰モデルに適合します。 プログラムはHAPMAP遺伝子型データで使用されることを意図しています。データセットは、3つのコンチネンタルグループのそれぞれの60個の無関係の個人のパネルに利用可能です。これらの遺伝子型データは、HAPMAP遺伝子座のサブセットで研究中の個人（典型的にはケースコントロールコレクション）の遺伝子型データと組み合わせることができる。 通常、HAPMAP LOCIのこのサブセットは、AffymetrixまたはIlluminaアレイのようなタグSNPになります）。その後、プログラムは、HAPMAPパネルと研究中の個人の両方からのデータを使用して、集団のハプロタイプ構造をモデル化し、研究中の個人の全ての未解決のHAPMAP遺伝子座で遺伝子型の後部分布を発生させます。 HAPMIXMAPを使用して、タグSNPのパネルを使用した任意の遺伝的協会研究は、HAPMAP内のすべての遺伝子座が型付けられたかのように分析することができます。関連付けのスコアテストは、非タイプの遺伝子座における遺伝子型の推論における不確実性のために正しく認められている。 それはまた、副産物として、遺伝子座を直接入力する研究と比較して、各遺伝子座を試験する際の研究設計の効率の尺度でも生じる。これはスコアテストにおける情報の完全な情報の完全な情報の比率です。これは、タグSNPパネルの妥当性を評価し、非タイプの遺伝子座の追加の遺伝子型決定が追加の情報を生み出す可能性があるかどうかを決定するために使用できます。 HapMixMapには、コンピュータにRをインストールする必要があります。 Rは無料の統計分析プログラムです
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