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BamArrayは、Bam Tehcniqueを実装する高度なプロフェッショナルなアプリケーションです。 BAMは、マイクロアレイデータから差次的に発現する遺伝子を検出するための新しい統計的技術である。この方法の中心部では、実信号だけを残しながら偽信号を押す特殊なタイプの信号検出技術がある。標準的な方法は、一度に1つの遺伝子からのデータを使用して基本的な試験統計に頼ることによって遺伝子を探します（T検定、またはANOVAモデルからのコントラストなど）。遺伝子リストは、全体的なType-Iエラー、または誤検出レートを制御しようとするか、ユーザー指定のカットオフレベルを使用してフィルタリングすることによって統計をフィルタリングすることによって得られます。 BAMは、全ての遺伝子にわたって情報を同時に合成することによって遺伝子の微分効果を推定することによって、基本的に異なるアプローチをとる。遺伝子を濾過するのではなく、推定効果はパターンタイプにマッピングされる。 BAMの特別な信号検出機構は、異なる表現を意味する可能性が低く、その結果として関心のあるパターンがグラフィカルな視覚化ツールを使用して非常に解釈可能になるという遺伝子に対する推定効果をゼロにします。関心のあるパターンは、ある程度の時間だけの生物学的システム、またはプロセス全体に関与する遺伝子に影響を与える「ヒットアンドラン」遺伝子であり得る。 BAMは、疾患の異なる段階にわたって収集されたデータなどのマルチグループ実験設計に適用されます。他の用途には、時間経路データ、異常値検出、不変セット正規化、遺伝子アトラストランスクリプトームマッピングのための遺伝子発現時間プロファイリングが含まれる。主な特徴： BamArrayは、さまざまなオペレーティングシステムで動作するユーザーフレンドリーなJavaアプリケーションです。 BamArrayはスクリプトファイルによって開始されたバッチモードで無人で実行されることもできます。バッチモードはいくつかのデータファイルを順次処理し、結果の分析をディスクに保存できます。カスタムデザインされたスクリプトの書き込みにより、ユーザーは、生体コンダクトなどのさまざまな種類のソフトウェアとインターフェースをインターフェースできます。 BamArrayには、ユーザーが後で検索するために実行結果を保存できるようにする保存機能があります。実行に数分かかることができる実行は、Restore Runを使用して秒単位で復元できます。 Save Runもバッチモードでトリガーできます。無制限のグループを持つ実験的設計が収容されています。特定の種類の遺伝子パターンを同定するために可視化プロットが利用可能である。 Bamarrayは遺伝子パターンを自動的に分類します。 Bamarrayはほぼ自動で、複雑な調整パラメータがない。ほとんどの統計的方法では、重要な遺伝子を特定するためのユーザー指定のフィルタリング値が必要です。 Bamarrayは自動価値を提供します。遺伝子および実験群を横切る不等分散は、遺伝子全体にわたって（対数などの他の変換に見られるように）遺伝子全体のグループの差を明確にしない、または増幅する自動化された前処理ステップによって体系的に処理されます。ズームインとリゾートを使用するグラフィカルツールにより、ユーザーは遺伝子のリストを対話的に生成できます。遺伝子標識は、目的の遺伝子を容易に同定することを可能にする上または脱落することができる。特定の遺伝子は、ドロップダウンリストを使用して、または既存のファイルにある遺伝子ラベルから追跡リストを入力することによって強調表示されます。遺伝子リストはエクスポートできます。リストのエクスポートはバッチモードを使用して自動化できます。フィギュアは、公開品質カラーグラフィックとして保存できます。モデルの基礎となる仮定をテストするためのプロットは、グラフィックススイートの一部として含まれています。はJRE 6をサポートします。

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