 | バンビーノこのツールを使用してBAMファイルを表示します。 |
| 今すぐダウンロード | |
バンビーノ ランキングとまとめ
広告
バンビーノ タグ
バンビーノ 説明
Bambinoは、SAM / BAM形式の次世代のシーケンスファイルのためのグラフィカルビューアとSNP / Indel Detectorをユーザーに提供するように特別に設計された小型のシンプルなアプリケーションです。 Viewerは、アセンブリの完全なパディングビューを作成するために未だのBAM整列を処理し、挿入の完全な視覚化を可能にします。 主な特徴： は、設定可能なプロセスを使用してBAMファイルから直接SNP、挿入、削除を検出します。これは、コマンドライン（BAMユーティリティのマニュアルを参照）またはビューア内から対話的に実行することができます。 は、複数のBAMファイルからデータを動的にプールできます。腫瘍/標準ペア、複数の実行、またはプラットフォームからのデータを表示および分析します。バリアント検出器はプールを利用し、体細胞変異検出に適した出力を生成する。 データセット内のすべてのインディーズを参照シーケンスと統一された埋め込まれたアライメントに調整し、必要に応じて読み取りと参照をパディングします。 SAM / BAM仕様では、パディングアライメントを可能にしますが、ほとんどのBAMファイルには未パッドの読み取りマッピングデータが含まれています。 Bambinoは、本質的にこれらの未パッドのアライメントをパッド入りのものに変換します。この後処理は、同じ場所で異なるインダデンサイズを有する読み取りのうち、アセンブリの完全で統一されたビューを提供する。これはSTRPなどの機能を視覚化し、読み取りマッピングプログラムによって生成されたアライメントをデバッグするのに役立ちます。 UCSCゲノム注釈を用いて、DBSNP SNP部位および参照タンパク質配列のマッピングを表示する。データベース接続は設定可能です。それはさまざまなデータベースやゲノムビルドから機能をロードすることができ、UCSCの公開MySQLデータベースサーバーまたはあなたが提供するローカルミラーを使用することができます。 は、NCBI REFSEQSのSNPによるタンパク質コーディング変更を計算します は、完成した参照順序（現在UCSC .2bitおよび.nib形式がサポートされている）に対して読み取りを表示できます.BAMデータから生成されたコンセンサス
バンビーノ 関連ソフトウェア
