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バイカンガ 説明
Biokangaは、次世代シーケンス分析の課題をターゲットにした高性能バイオインフォマティクスアプリケーションの集まりです。 Kangaは、「K-MER適応次世代アライナ」のための頭字語に立っていて、主なアプリケーションです。 Biokangaは、色空間（ABI Solid）またはBaseSpace（Illumina）のいずれかの次世代シーケンサーショートリードデータセットのロバストアラインメントを可能にするために、標的ゲノム内のシーケンス一意性の経験的に導かれた理解を組み込んだ非常に効率的な短読アライナです。 他の広く使用されているアライナと比較して、Biokangaは競合的または増加した計算効率での整列された配列読み取りの割合と品質の両方において実質的な利益を提供します。 他のほとんどのアライナとは異なり、Biokangaは、シーケンサーの調達品質スコアに頼るのではなく、差別的な受容基準として、任意の読み取りのために推定ゲノムアセンブリの推定ゲノムアセンブリとのハミング距離を利用しています。 Kangadnaは、NGS短読データセットのDE NOVOアセンブリを対象とした追加の2部のツールキットの主要な構成要素です。二次成分、Kangahrdx（k - mer適応次のGenアライナホモ接合性低下）は、主にRNA - Seqトランスクリプト術度を標的としており、それによって転写産物アイソフォームは高い同一性の領域を共有する多くの組み立てられたコンティグをもたらす。 ツールセットコンポーネント： カンゴックス NG短読データセットをその後に整列させる参照ゲノムアセンブリを含む非常に最適化されたサフィックスアレイルックアップデータベースを生成するために使用されます。 カンガル これはオプションのコンポーネントです。これは、NG短読データセットをKanga Alignerによる高速かつ効率的なロード用に最適化されたフォーマットに処理するために使用できます。 カンガ カンガはアライナー成分です。それは主要な入力です。これは、Kangaxによって生成された参照ゲノムアセンブリデータベース、およびKangarの前処理されたデータセットまたはRah Fasta / FastQ Readsetファイルのいずれかです。 Kangaからの主な出力は、ユーザーが選択された出力フォーマットのうちの1つの整列です。 カンガドナ Kangadnaは、この品質が低さのスパンのコストおよび/またはCONTIG NXX従来の対策で得られたとしても、より高い信頼品質の汚れを提供するというオーバーグリースの目的を持つ多相寛容DE Novo Assemblerです。カンガドナは、ベースまたはカラースペース（固体）の読み取りのいずれかをネイティブに組み立てます。 カンガー州 kangahrdxはContigシーケンスを処理し、相互合わせ相互接合性である地域を特定します。同定された地域は、最も長い密接な全ての密着性から除去され、その結果、より緊張した密着性が高い。 これは、De Novo RNA-Seqトランスクリプトーム分析または倍数体ゲノムのDe Novo集合を助けることができる。一般に、Kangakrdxは、Kangadnaまたは他のいくつかのアセンブラによって生成されたコンテグで実行されます。
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