 | 幹最大尤度を用いた種木推定 |
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幹 説明
ステムは、コアリセン系モデルの下で推定遺伝子樹木の集まりから最尤種の木の木を推定するためのプログラムであるように開発されました。 プログラムは正確なMLツリーを返し、ユーザー指定のツリーの尤度を計算するか、または一連の最も可能性のある木を検索します。 木のスペースを検索する方法は、シミュレートされたアニーリングアルゴリズムである。 STEMにはいくつかの入力ファイルが必要です。 これらの最初のものは情報を提供するファイルです 遺伝子木のために、これはGenetrees.treと呼ばれなければならない。 このファイルには、ニュイック形式の枝長さの遺伝子木が含まれています。 遺伝子木は根ざしていて分子時計を満たさなければなりませんが、プログラムはこれを確認しませんが、これはエラーを確認したり、これが当てはまらない場合はそれが想定される可能性があります。 各遺伝子木の直前に直接は、各遺伝子の速度増倍器を与える角括弧内の数値です。
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