 | 三重京根ざしたトリプルからコンセンサスツリーを構築するためのプログラム |
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三重京 説明
Triplecは、根ざしたトリプルからコンセンサスツリーを構築するためのプログラムであるために開発されました。 使用法 java -jar triplec.jar Noreps Infile.Newick. ここでNOREPSは、コンセンサスに使用するトリプル再構築の数です。 再構成は無作為化アルゴリズムであるため、これが必要です。 約20分類機1000の複製の小さな木のために十分です。 しかし、より大きなデータセットには大きい数を使用する必要があります。 Infile.Newickは1行に1つのニックツリーを持つテキストファイルです。 木は根ざしていると見なされ、各ツリーは最初の木の分類範囲のラベルのみを含める必要があります。 それは最初のタクシーに含まれていない後の木です。 コンセンサスの一環として、最初の木よりもタキサが少ない木を持つのは誤りではありませんが、この方法はスーパーツリー方式ではありません。 これらの条件下でのパフォーマンスはテストされておらず、予想が悪くなります。
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